iTOL美化进化树实战：标签、枝修饰，分组着色

进化树一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化之前讲了很多进化树的理论，但实战还是有困难。今天来一个树的实战。http://itol.embl.dea, 基于3837个高质量基因组中31个单拷贝基因的最大似然树。最外圈展示分类组，中圈展示其来源，内圈展示植物相关的根相关基因，还可以在线iTOL查看可交互的树(https://itol.embl.de/...

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刘永鑫Adam

49235人浏览 · 2018-08-16 20:48:09

刘永鑫Adam · 2018-08-16 20:48:09 发布

进化树一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化

之前讲了很多进化树的理论，但实战还是有困难。今天来一个树的实战。

http://itol.embl.de

a, 基于3837个高质量基因组中31个单拷贝基因的最大似然树。最外圈展示分类组，中圈展示其来源，内圈展示植物相关的根相关基因，还可以在线iTOL查看可交互的树(https://itol.embl.de/tree/15223230182273621508772620)。 (Nature Genetics, 2018, Levy)

上图的这颗生命之树，是最近期NG的主图即使用iTOL绘制，还能生成在线链接。

使用

注册和登陆

第一次使用，按此页要求注册

http://itol.embl.de/itol_account.cgi

注册完成后，以后每次直接访问登陆页

http://itol.embl.de/login.cgi

登陆成功后即进入My Trees面板

上传树并展示

点击Upload tree files，上传本地fasttree、RAxML生成的树文件.tree/nwk文件，点击上传后的文件名即可预览

树展示时，图中有的枝极长，可能不是16S的外源扩增，需进一步鉴别判断是否为污染或非特异扩增去除

其实现在在图上点击鼠标，可以轻松修改线的颜色和样式、标签的颜色和背景色；甚至可以修改树根、移动树枝。

但量大时显著不够高效。

主界面的 Branch lengths 设置为 Off，可消除枝上异常的影响。

树美化

下面学习批量制作模板

点击 Help —— Help pages —— Annotation trees ——
example tree and annotations 下载示例数据，用于格式参考。

官网建议先看教学视频tree annotation video tutorial，但是我尝试一直无法播放。

我们使用文本编辑器，如Notepad++、Editplus、Ultraedit等打开示例文件。

批量设置标签颜色

修改颜色模板 Branch and label colors and styles

colors_styles_template.txt

在下方添加如下文字，结点标签的颜色

OTU_117 label #0000ff
OTU_97 label #0000ff
OTU_104 label #0000ff
OTU_116 label #0000ff
OTU_89 label #0000ff
OTU_32 label #0000ff
OTU_133 label #0000ff
OTU_163 label #0000ff
OTU_107 label #0000ff

直接拖动文件至树图上，即可显示。同时确认效果是否符合要求，可选保存，或放弃。

修改背景颜色图例：OTU5背景色，图例为变形菌门

OTU_5 range #85F29B Proteobacteria

突出显示标签：标签蓝色加粗2号字

OTU_16 label #0000ff bold 2

修改分枝颜色：红色，实线，宽度为1

OTU_22|OTU_22 clade #ff0000 normal 1

对于每个枝批量操作，可借助循环生成注释结果文件。拖至树中至可显示。

写在后面

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