问题来源：

利用MACS进行Peak-calling分析后继续进行motif-analysis，MEME-Chip的输入文件格式要求是fa文件，但是MACS产生的对应文件是bed格式，所以需要将bed文件转成fa文件

解决方法：

1.twoBitToFa

下载地址：

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

在linux上安装好后

输入

chmod 744 twoBitToFa （会将文件变成可执行文件，怎么实现的我也不懂)

再执行

twobittofa hg38.2bit hg38.fasta


或者


twoBitToFa -bed=xxxx.bed/leofs/noncode/reference/human/hg19/hg19.2bit out.fa #其中,xxxx.bed为需要转换的文件，/leofs/noncode/reference/human/hg19/hg19.2bit为人类参考基因组hg19.2bit的存储路径，out.fa为输出的文件(可根据需要命名成xxx.fa)


或者


twoBitToFa -bed=T.changhai_ALL_withinIntron_IGR_sigNC.bed ~/zhaogg/rna-seq-data/h19_bowtie_db/genome_all.fa_db.2bit 51T.fa

以上的执行命令都是我搜集到的（百度：如何将bed文件转换成fa文件）

但是不幸的是，并没有什么用（如果你会的话请告诉我 谢谢！）

2.bedtools

或许你会问：“博主你是不是脑子有问题，直接告诉我能使的不就行了么？”

“聪明，但是我是一个偏文科的理工科生，所以我习惯了先抑后扬。”

安装：

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.26.0.tar.gz

tar -xvf v2.26.0.tar.gz

cd bedtools2-2.26.0

make(编译时间有点长）

代码：

bedtools getfasta -fi test.fa -bed test.bed -fo test_out.fa

#test.fa是参考基因组 test.bed是要转换的bed文件 test_out是输出的fa文件

ps:一定要在/bedtools2-2.26.0目录下执行

原理：

搞定收工~~