AutoDock Tools在Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装的详细安装步骤

Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装:

Home文件夹即主文件夹下新建一个文件夹autodock(文件夹可以自己随意新建设置);

1.      登陆mgltools官网,下载mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz(下载符合电脑硬件的安装包)

2.      双击下载到的mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz文件,解压到autodock文件夹,解压后,重命名刚刚解压得到的文件mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.为mgltools。

3.      ctrl+alt+T调用命令终端或手动打开命令终端;

具体操作:先cd回车;

                    再ls回车;看到autodock文件夹;

                    cd program回车;看到mgltools文件夹;

                    cd mgltools回车。如下图所示:

4.   运行

./install.sh(注:..../program/mgltools/:./install.sh)  回车(如下图)。


5.  安装过程稍等一回,会在结束之前弹出对话框说明某些部分的相关使用条款,确定即可


确定后,结果如下图:


6.   参照命令终端给出的提示:

To run pmv, adt, vision or pythonsh scriptslocated at:
/home/username/program/mgltools/bin
you will need to do ONE of the following:

-- add the /home /aspirin/autodock /mgltools/bin to the path environmentvariable in .cshrc or .bashrc:
.cshrc:
set path = (/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin $path)

.bashrc
export PATH=/home/ aspirin/autodock /mgltools/bin:$PATH

-- create aliases in your .cshrc or .bashrc
.cshrc:
alias pmv /home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/pmv
alias adt /home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/adt
alias vision /home/ aspirin/autodock /mgltools/bin/vision
alias pythonsh /home /aspirin/autodock /mgltools/bin/pythonsh

.bashrc
aliaspmv='/home/aspirin/autodock/mgltools/bin/pmv'
alias adt='/home/
aspirin/autodock /mgltools/bin/adt'
alias vision='/home/
aspirin/autodock /mgltools/bin/vision'
alias pythonsh='/home/
aspirin/autodock /mgltools/bin/pythonsh'(如上图所示)

这里选用最后一种方法,通过更改.bashrc文件的方法实现,具体为:
打开home文件夹即主文件夹,ctrl+H显示隐藏的文件(再按一次,取消隐藏),找到.bahsrc文件,打开(和win中使用记事本打开文件一样的方法),在文档最后部分添加刚才复制到的代码,具体这里是这样做的:
#############ADT start#################
alias pmv='/home/
aspirin/autodock /mgltools/bin/pmv'
alias adt='/home/
aspirin/autodock /mgltools/bin/adt'
alias vision='/home/
aspirin/autodock /mgltools/bin/vision'
alias pythonsh='/home/
aspirin/autodock /mgltools/bin/pythonsh'
#############ADT end################

7.   在刚才安装时使用的命令终端(当然,也可以在其他命令终端)输入source ./initMGLtools.sh(具体看自己命令端的显示)回车;如下图:


8. cd回车切换至主文件即home文件夹;

输入adt,回车;结果如下图所示:


运行结果:


生物分子模拟论坛:http://bioms.org/thread-2219-1-1.html

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