进入manual后，按q退出。

Linux 常用命令

No 命令 功 能 实 例

show/kill process:

ps -u username -A       显示username用户的所有process

kill [signal] PID
kill -15 PID_num         kill 编号 PID_num

杀死该用户所有进程：

具体用法：pkill -u user_name

user_name即为要杀死的用户名

实验室杀死cnode:

先登录PuTTY，然后登陆 HostName,which is the entmcnode number

1 mkdir 创建目录 mkdir do 
mkdir do/align 

mkdir –p blast/hba/209 

2 rmdir 删除目录 rmdir tmp 

3 cd 改变目录 Cd 
cd do 
cd .. 

cd ../do/tree/7hba 

4 ls 显示文件信息 ls 
ls -l 
ls *.fasta 
ls /tmp/seq* 

ls –lR 

5 cat 编辑文件 cat seq1 
cat > seq1 

cat >> seq1 

6 less 显示文件内容 more myseq 

7 cp 复制文件 cp seq1 seq2 
cp ../seq/hba_human.sw . 
cp /tmp/seq1 . 

cp *.fasta ../keep/ 

8 mv 移动(不在同一个目录中)或更改文件名(在同一个目录中) mv seq1 seq2 

9 rm 删除文件 rm seq2 
rm *.txt 
rm tmp/seq.* 

rm –rf tmp 

10 chmod 改变权限 chmod –w seq1.fasta 
chmod +w *.needle 

chmod 755 *

11 touch file_name,新建空的文件file_name，可以连续新建多个空文件，touch file_name1 file_name2 file_name3

12 which 可执行文件名称 

13 cat<<EOF

ouput words

EOF

输出两个EOF之间的字符，适用于大量字符输出，比echo更方便

14 $0
$0表示当前执行的进程名,script 本身的名字,或者在正则表达式中表示整行输出

14  module avail,显示可用的module、

15 grep -Rni accessCtrl * 在当前目录中查找含有accessCtrl 的文件，-R指包括子目录文件  

grep 'string1 string2'  filename

详细说明：

命令 1：mkdir 
用途：创建目录
实例 1：mkdir do 
含义：在当前目录下创建名为 do 的子目录
实例 2：mkdir do/align 
含义：在子目录 do 下创建名为 align 的子目录（子目录 do 已经存在）
实例 3：mkdir –p hba/tree 

含义：在当前目录下创建名为 hba 的子目录，并在子目录 hba 下创建名为 tree 的子目录

命令 2：rmdir 
用途：删除目录
实例 1：rmdir tmp 

含义：删除当前目录下名为 tmp 的子目录，该子目录中没有文件和子目录

命令 3：cd 
用途：改变目录
实例 1：cd 
含义：回到用户主目录，即登录时进入的目录
实例 2：cd do 
含义：进入子目录 do 
实例 3：cd .. 
含义：回到上级目录
实例 4：cd hba/tree 
含义：直接进入子目录 hba 下的 tree 子目录
实例 5：cd ../do/align 

含义：进入上级目录 do 下的 align 子目录

命令 4：ls 
用途：显示文件或目录
实例 1：ls 
含义：显示当前目录下子目录和文件名
实例 2：ls -l 
含义：显示当前目录下子目录和文件名详细信息，包括属性、权限、大小和创建日期等实用生物信息教程 北京大学 罗静初 
实例 3：ls *.fasta 
含义：显示当前目录下所有以.fasta 结尾的文件
实例 4：ls hba/hba_* 
含义：显示子目录 hba 下所有以 hba_起始的文件
实例 5：ls /tmp 
含义：显示/tmp 目录所有子目录和文件
实例 6：ls –lR 

含义：逐级显示当前目录及子目录下所有子目录和文件

命令 5：cat 
用途：显示或编辑文本文件
实例 1：cat > cat1 
含义：往 cat1 中逐行输入文本，用 Ctrl-D 结束输入
实例 2：cat >> cat1 
含义：往 cat1 中逐行追加文本，用 Ctrl-D 结束输入
实例 3：cat cat1 

含义：显示文本文件 cat1 中的内容

命令 6：less 
用途：显示文件内容
实例 1：less 209hba.list 

含义：逐屏显示文件 209hba.list 内容，回车进一行，空格进一页，q 终止显示

命令 7：cp 
用途：复制文件
实例 1：cp seq1 seq2 
含义：将文件 seq1 复制到文件 seq2 中，保留 seq1 
实例 2：cp *.fasta ../keep/ 
含义：将所有文件名以.fasta 结尾的文件复制到上级目录的 keep 子目录中 
实例 3：cp ../seq/hba_human.sw . 
含义：将上级目录的 seq 子目录中名为 hba_human.sw 的文件复制到当前目录中 
实例 4：cp /tmp/tf/zmtf-pep.fasta blast/ 
含义：将/tmp 目录中 tf 子目录中名为 zmtf-pep.fasta 的文件复制到当前目录中名为实用生物信息教程 北京大学 罗静初 

blast 的子目录中

命令 8：mv 
用途：更改文件名
实例 1：mv seq1 seq2 
含义：将文件 seq1 改名为 seq2，不保留 seq1
实例 2：mv hba_human.fasta pku08s1/hba 
含义：将当前目录下文件 hba_human.fasta 移到子目录 pku08s1 下的子目录

hba 中

命令 9：rm 
用途：删除文件或目录
实例 1：rm seq2 
含义：删除文件 seq2 
实例 2：rm *.txt 
含义：删除所有以.txt 结尾的文件
实例 3：rm –r temp/* ,rm –r -i temp/*，-i means interactive,在删除每个文件时都回进行询问
含义：删除子目录 temp 下所有子目录和文件，保留该目录
实例 4：rm –r temp ,rm –r -i temp

含义：删除子目录 temp 和该目录下所有子目录和文件

参数选项：

   -i 删除前逐一询问确认。

　-f 即使原档案属性设为唯读，亦直接删除，无需逐一确认。

　 -r 将目录及以下之档案亦逐一删除。

命令 10：chmod 
用途：改变文件或目录权限
实例 1：chmod –w ppf1.fas 
含义：取消所有用户对 ppf1.fas 的写权限
实例 2：chmod +w seq1 
含义：将当前目录下 seq1 设置为本用户可写，其他用户权限不变
实例 3：chmod -w keep/ 
含义：取消子目录 keep 写权限，不能在该目录下创建和删除文件或子目录
实例 4：chmod 755 bin/* 

含义：将子目录 bin 下所有文件设置为本用户可读可写可执行，其它用户可读可执行

11which

我们经常在linux要查找某个文件，但不知道放在哪里了，可以使用下面的一些命令来搜索： 
       which  查看可执行文件的位置。
       whereis 查看文件的位置。 
       locate   配合数据库查看文件位置。
       find   实际搜寻硬盘查询文件名称。

which命令的作用是，在PATH变量指定的路径中，搜索某个系统命令的位置，并且返回第一个搜索结果。也就是说，使用which命令，就可以看到某个系统命令是否存在，以及执行的到底是哪一个位置的命令。 

1．命令格式：

which 可执行文件名称 

2．命令功能：

which指令会在PATH变量指定的路径中，搜索某个系统命令的位置，并且返回第一个搜索结果。

3．命令参数：

-n 　指定文件名长度，指定的长度必须大于或等于所有文件中最长的文件名。

-p 　与-n参数相同，但此处的包括了文件的路径。

-w 　指定输出时栏位的宽度。

-V 　显示版本信息

4．使用实例：

实例1：查找文件、显示命令路径

命令：

which lsmod

输出：

[root@localhost ~]# which pwd

/bin/pwd

[root@localhost ~]#  which adduser

/usr/sbin/adduser

[root@localhost ~]#

说明：

which 是根据使用者所配置的 PATH 变量内的目录去搜寻可运行档的！所以，不同的 PATH 配置内容所找到的命令当然不一样的！

[@entmcnode15] try $ module add vivado13v4
    [@entmcnode15] try $ which vivado
    /opt.global/xilinx/vivado_2013v4/Vivado/2013.4/bin/vivado

解释：查找所执行的vivado命令所在位置

12  

[.chen@entmcnode15] try $ cat cat.sh
#!/bin/bash
cat<<EOF
*****************
this is for many characters output
try
maybe right
****************
EOF
[.chen@entmcnode15] try $ ./cat.sh
*****************
this is for many characters output
try
maybe right
****************

解释：

cat<<EOF

words

EOF ,两个EOF之间的内容被原样输出，适合大量字符的输出。

13 $0
$0表示当前执行的进程名,script 本身的名字,或者在正则表达式中表示整行输出

[.chen@entmcnode15] try $ ./variable.sh 
$0 is ./variable.sh
[.chen@entmcnode15] try $ cat variable.sh 
#!/bin/bash
echo '$0 is' $0

解释：$0直接代表了script的名字