系统发育树的美化(iTOL)
iTOL实现系统发育树的简单美化
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#小白详细操作教程
1.打开网址iTOL: Interactive Tree Of Life
2.注册登录
3. 点击My Trees →+Tree upload(为Newick文件,后缀为.nwk),可以上传文本格式和文件格式
4.点击所上传的文件,就可以看到进化树进行修改美化了
5.美化
我一般用到以下几步:
5.1基础操作
5.1.1更改进化树形状-系统默认为最合适的,但也可根据需求更改
5.1.2更改根结点-将鼠标放在进化树一个枝干上,右击,点击Tree structure→Root the tree at midpoint
5.1.3更改标签字号大小
5.1.4加粗进化树枝条
结果呈现:
5.2高级操作
5.2.1显示步长,并放大100倍比例
5.3更改标签背景
5.3.1手动更改,将鼠标放在所要更改的标签所在的线条上,右击鼠标
5.3.2添加注释文件
5.4更改标签位置
如果你想把这些基因进行分组,但是所得到的进化树不是你想要的,那可以进行位置的调整
将鼠标放在所要更改的枝条上,右击,点击进行旋转,这个经常会被覆盖住,所以常被忽略,如下图所示:
以上就是使iTOL进行系统发育树的简单美化了,我还在继续学习中,之后会进行分享,希望能帮助到大家,这些都是我在网上自学的,走了不少弯路,大家有更好的方法,还请分享哈
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