fasta与fastq的区别：
fasta格式（格式缩写为fa）是一种存储核酸或氨基酸序列的文本格式 ，允许在序列前定义名称和编写注释。 已成为生物信息学的标准格式，格式简单，多种文本处理工具和 Python等脚本语言处理均可对其直接处理。结构分两行，第一行序列标识（ID），第二行为序列信息。
fastq格式（格式缩写为fq）是一种存储生物序列和对应序列质量的文件格式。 现已成为存储高通量测序数据的事实标准，相当于fasta的plus（+quality）版。结构分为四行，第一行序列标识（ID），第二行为序列信息，第三行为单独一个+（表示与第一行相同的序列标识，为了节省内存省略为+，此行保留以凑成偶数行保证后续数据处理的便捷性），第四行，对应第二行序列的质量值（用ascii码表示，通过质量值公式可以计算其准确度）。

fna,ffn,faa都属于fasta格式：
fna （fasta nucleic acid file）所有核酸序列信息
ffn （fasta nucleotide coding regions file）所有基因的核酸序列信息
faa （fasta Amino Acid file） 即所有基因对应的蛋白质序列信息