安装

openslide是处理医学图像经常用到的一个包，因为WSI(whole slide image)是非常大的，在一般情况下是没有办法处理的，所以才要借助openslide进行处理。下面是openslide在ubuntu下的安装方法

pip3 install openslide-python

如果导入时发生报错，那一般是缺少依赖项，在终端运行：

sudo apt install python-openslide

官方地址: https://openslide.org/api/python/

入门

格式问题

首先要说明的一点是openslide的很多API的使用跟python自带的PIL相似，返回的对象是Image对象而不是numpy中array对象，这点需要特别注意。因此在处理上一般都会将其转化为array对象，其默认的通道顺序是RGB。但是还有一点需要注意的是，转化为array对象后是4通道，即在RGB后会再加一个alpha（透明度）通道，其形式为【R,G,B,A】。
关于坐标问题，还是跟python自带的PIL相似，都是（图像的宽，图像的高），跟array中矩阵的顺序（图像的高，图像的宽）是相反的。而基于numpy的OpenCV、skimage在处理图像矩阵是都是先height后width的，即img【height，width】。

常用函数说明

图像读取

import openslide as opsl

slide=opsl.OpenSlide('xxxx.svs')

这里得到的是slide对象，后续对于WSI图像的操作都是基于此。

属性

slide.level_count 

level_count属性是svs图片有多少层金字塔结构。所谓的金字塔结构，就是svs图片已经存储了从上到下每一层采样的图titles，默认情况下0级是原图，每向下一级相当于是对上一级图像的一个下采样，下采样比例一般是4，也可以是2。

slide.level_dimensions

level_dimensions属性是获取指定级下的图像的宽和高，返回的是一个list，每一个元素是一个数组。

slide.level_downsamples

level_downsamples属性返回的是指定级别下的下采样比例，需要注意的是这个数字表示对0级图像的下采样倍数。

提取图像

在opensilde中提取图像有两种方法，分别是get_thumbnail和read_region。get_thumbnail是根据你指定的尺寸，返回原图的缩略图；read_region提取指定层数下指定起始位置和大小的切片截图。在对0层图像(即原图)进行采样和处理中，read_region更常用。需要注意的是，不论是get_thumbnail还是read_region，二者返回的都是python的图像对象，如果需要用别的图像处理工具进行后续的图像处理，比如skimage或opencv，都需要先将其转为numpy格式。

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail(slide.level_dimensions[2]) 
# 以2级图像的尺寸作为指定输出的缩略图尺寸返回一个缩略图图像

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail((1000,600)) 
# 也可以自己指定一个具体的数值，需要注意的是，第一个参数实际上代表的是宽W，第二个参数代表的是高H

tiles = slide.read_region((location, level, size)
# read_region方法有三组参数，第一组参数是你要提取切片的起始坐标(该坐标是对应曾经下的坐标)，
# 第二组参数是你要提取的图像层级
# 第三组参数是切片的尺寸，同样是(宽，高)的形式

这里需要特别注意的location坐标必须是0级图下的坐标，即如果不是取0级图，那么必须将提取切片的起始坐标还原在0级图下的坐标，下面是参数说明。

    def get_thumbnail(self, size):
        """Return a PIL.Image containing an RGB thumbnail of the image.

        size:     the maximum size of the thumbnail."""

    def read_region(self, location, level, size):
        """Return a PIL.Image containing the contents of the region.

        location: (x, y) tuple giving the top left pixel in the level 0
                  reference frame.
        level:    the level number.
        size:     (width, height) tuple giving the region size.

        Unlike in the C interface, the image data returned by this
        function is not premultiplied."""