文献介绍「文献题目」 Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat「研究团队」 聂青（加利福尼亚大学欧文分校）「发表时间」 2021-02-17「发表期刊」 Nature Communications「影响因子」 16.6「DOI」 10.1038/s41467-021-21246-9摘要理解细胞间的全局通信需要细

在发表科研论文的过程中，制作精美的绘图能够在第一时间吸引编辑和审稿人的眼球。配色是提升绘图吸引力至关重要的一环，而提升自己配色审美最直接的方法就是跟着顶刊学习。本系列文章收集了顶刊中的绘图，并提取了颜色代码，希望能为您的论文配色提供帮助。为了方便使用，我推出了 CNScolor 开源项目，包含了本系列文章的所有颜色代码，并通过一个在线网站进行展示。项目用于解决 R 语言科研绘图中颜色选择的问题，包

ImageGP 2 用于增强生物医学研究中的数据可视化和可重现分析陈同（中国中医科学院中药资源中心）、刘永鑫（中国科学院遗传与发育生物学研究所）、黄璐琦（中国中医科学院中药资源中心）2024-09-12iMeta33.2ImageGP 是一个广泛使用的开源在线数据可视化与分析平台。过去 7 年间，该平台已为全球用户提供超过 70 万次服务，并获得大量用户反馈。升级版ImageGP 2）采用前沿网页

例如，当整合 10 个不同的数据集时，我们执行 45 种不同的成对比较。作为替代方案，我们在此介绍了将一个或多个数据集指定为综合分析的“reference”，其余指定为“query”数据集的可能性。当使用 reciprocal PCA 确定任意两个数据集之间的 anchors 时，我们将每个数据集投影到其他 PCA 空间中，并通过相同的相互邻域要求约束 anchors。接下来，选择下游整合的功能，

例如，当整合 10 个不同的数据集时，我们执行 45 种不同的成对比较。作为替代方案，我们在此介绍了将一个或多个数据集指定为综合分析的“reference”，其余指定为“query”数据集的可能性。当使用 reciprocal PCA 确定任意两个数据集之间的 anchors 时，我们将每个数据集投影到其他 PCA 空间中，并通过相同的相互邻域要求约束 anchors。接下来，选择下游整合的功能，

因为配色在所有研究领域都具有通用性，因此本项目期望收集的绘图配色不仅仅是局限于生物学领域，利用。我会在大家贡献的素材中进行挑选，对于成功参与的小伙伴，会在后续的推文和网站中对贡献者的名字进行标注哦！开源项目，该项目计划收集顶刊中的各种绘图，提取其中的颜色代码，并通过一个在线网站进行展示。的方式，感兴趣的小伙伴可以在项目的 Github 仓库提供素材参与贡献，详细方式见下文。在发表科研论文的过程中，

OneNote 是一款免费且功能强大的笔记软件，可以设置多级标签分类记录笔记，调整文字大小、颜色和高亮，并且还可以插入图片、音频、web链接、甚至代码。OneNote 可以在电脑、手机、ipad 等多种不同设备上使用，这也是电子笔记最为强大的地方，相当于你随时随地携带了一本比新华字典还厚的笔记本！在第二个下拉列表中，选择收件人“可以编辑”，还是“可以查看”。本文只介绍了我自己经常使用的 OneNo

这些算法的目标是学习数据的底层流形，以便将相似的细胞放在低维空间中。为了克服 scRNA-seq 数据的任何单一特征中广泛的技术噪音，Seurat 根据其 PCA 分数对细胞进行聚类，每个 PC 本质上代表一个“metafeature”，它结合了相关特征集的信息。简而言之，这些方法将细胞嵌入到图结构中——例如 K-nearest neighbor(KNN) graph，在具有相似特征表达模式的细胞

在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接使用。为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了。R 语言科研配色工具 --- sciRcolor。R 语言科研绘图模板 --- sciRplot。为了解决 R 语言中科研绘图的问题，我推出了。种绘图代码，按照图形类型进行分类，包含。接下来我们导入绘图用到的