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python数据分析之数据离散化——等宽&等频&聚类离散

数据离散化的意义数据离散化是指将连续的数据进行分段,使其变为一段段离散化的区间。分段的原则有基于等距离、等频率或优化的方法。离散化的原因1.模型限制比如决策树、朴素贝叶斯等算法,都是基于离散型的数据展开的。如果要使用该类算法,必须将离散型的数据进行。有效的离散化能减小算法的时间和空间开销,提高系统对样本的分类聚类能力和抗噪声能力。2. 离散化的特征更易理解比如工资收入,月薪2000和月...

生物信息学国外期刊一览

Biochemistry 3.379Bioinformatics 4.328BMC Bioinformatics 3.78BMC Genomics 3.93BMC Molecular Biology 2.81BMC Systems Biology 3.71Briefings in Bioinformatics 4.627Briefings in Functional Genomics...

阿里云搭建neo4j 数据库,本地主机访问

一、对于3.0以前的版本在安装目录的$NEO4J_HOME/conf/neo4j.conf文件内,找到下面一行,将注释#号去掉就可以了#dbms.connector.https.address=localhost:7474改为dbms.connector.https.address=0.0.0.0:7474这样,远程其他电脑可以用本机的IP或者域名后面跟上7474 端口就能打开web界面了如: h

The cancer genome atlas(TCGA)

The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据,作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下,也加深自己的印象。TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据,包括突变,拷贝数变异,mRNA表达,miRNA表达,甲基化数据等这些数据可分为三个级别:level-1: 原始的测序数据(fasta,fastq等)level-2:比对好的b...

一元二次方程解法最新研究成果,秒算任何方程

一元二次方程解法一元二次方程定义:ax2+bx+c=0(a,b,c∈R,且a≠0)ax^2+bx+c=0(a,b,c \in R,且 a \not= 0)ax2+bx+c=0(a,b,c∈R,且a​=0)韦达定理方程两个根x1,x2x_1,x_2x1​,x2​有以下性质:x1+x2=−bax_1+x_2=-\frac{b}{a}x1​+x2​=−ab​x1x2=cax_1 x_...

tf.einsum()简单使用

tf.einsumeinsum(equation, *inputs)一般来说, 方程是从较熟悉的元素方程得到:删除变量名称、括号和逗号;用 “*” 替换 “,”;删除总和标志;将输出移到右侧,并将 “=” 替换为 “->>”。许多常见操作可以用这种方式来表示。例如:# Matrix multiplication>>> eins.

甲基化芯片Beta值意义详解,以及minfi包使用

illumina甲基化芯片计算illumina的软件(Illumina GenomeStudio软件)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是3~8列值每个样本。使用Illumina的Bead Studio软件和甲基化模块v3.2计算每个CpG靶标的β值。β值=来自甲基化珠粒类型的强度值/(来自甲基化的强度值+来自未甲基化珠粒类型的强度值+ 100)。然...

Windows安装python包出现PermissionError: [WinError 32] 另一个程序正在使用此文件,进程无法访问的问题解决方案

当安装依赖有vs的python包时,可能会出现以下错误:PermissionError: [WinError 32] 另一个程序正在使用此文件,进程无法访问。: 'C:\\Users\\15875\\AppData\\Local\\Temp\\pip-build-h3ir43bb\\murmurhash'因为windowns下的终端显示用的还是gbk编码,所以还得修改pip的源代码打开...

基因组测序中N50和N90到底指什么?

N50、N90 举个例子,比如一个基因组大小是1M,测序得到若干条reads,这些reads进行拼接,如果完全可以拼接起来,中间没有gap的序列称为contig,即连续的意思。如果中间有gap,但是可以知道gap的长度,这样的序列就叫做scaffold, 即脚手架(非连续)的意思。然后把contig 和 scaffold 从长到短进行排列,然后相加,当恰好加到1M的50%,也就是500k的时候

python打包为 Android 系统可执行文件

你可以通过 python-for-android 这个项目来打包一个 Android 应用。本页面详细讲解如何下载和打包,可以在你自己的机器上直接进行(参考此页面),或者使用预先构建好的Kivy Android 虚拟机,或者使用Buildozer 来自动化完成整个过程。还可以参考 针对 Kivy Launcher 进行打包 这样就不用编译就能运行 Kivy 应用。对新手,Kivy 官方推荐使用 .

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