之前安装centos6.5的时候,7.0已经出来了,但出于安全考虑,没有安装新版本,而采用了老版本。但看了下面的文章后,感觉7.0应该可以考虑试一试。

转自:http://seisman.info/linux-environment-for-seismology-research.html

这篇博文记录了我用CentOS 7搭建地震学科研环境的过程,仅供未来重新装机时参考。

准备工作

  • U盘一个,用于制作CentOS启动盘,U盘容量700M以上;
  • 下载CentOS 7的LiveCD ISO镜像文件
  • 下载Windows下的启动盘制作工具Universal USB installer
  • 利用Universal USB installer将CentOS的镜像文件写入U盘
  • 插入U盘,重启电脑,进入BIOS选择从U盘启动,进入CentOS的LiveCD

注:

  1. Linux下可以通过dd命令制作启动盘,但由于对原理不够了解,偶尔会导致制作失败,或制作成功后U盘容量有问题。

安装过程

CentOS 7的安装过程与其他Linux发行版的安装过程差不多。

分区

  • 先让安装程序帮忙分区,然后再根据需要增删分区以及修改细节;
  • 默认的分区方案是使用LVM,一个好处在于“当机器有多块硬盘时,使得看上去只有一块”。
  • 默认的文件系统为XFS;
  • 分区细节
    • /boot:CentOS自动分配了100M;
    • /:30G
    • swap:64G(与实际内存大小一致)
    • /opt:70G
    • /home:余下的全部空间

一些原则

为了尽可能地避免因为瞎折腾而导致不得不重装系统,设定如下系统使用原则:

  1. 仅使用CentOS官方源以及EPEL源,以避免一个软件包同时存在于多个源可能引起的版本冲突;
  2. 对于系统级别或较底层的软件包,只使用yum安装,绝不自己编译源代码;
  3. 对于源中没有的软件包,一律编译并安装至/opt目录下;
  4. 对于不需要编译,解压即可使用的软件包,一律编译并安装至/opt/目录下;
  5. 对于编译后只生成一两个二进制文件的小型代码,一律将二进制文件复制到${HOME}/bin下;

对系统的一些修改

给当前用户root权限

CentOS默认没有给一般用户root权限,所以安装软件的时候经常需要su切换到root用户再进行操作。相对来说很麻烦。因而需要给当前用户root权限。

su切换至root用户,用如下命令编辑sudo的配置文件:

sudoedit /etc/sudoers

在其中找到语句root ALL=(ALL) ALL,在其下添加如下语句:

seisman ALL=(ALL)       ALL

其中seisman为当前用户名。

修改主机名

  1. 修改/etc/hostname,将其中的localhost.localdomain改成saturn.geolab。(装机过程中若填入了主机名,则可能该文件不需要修改)

  2. 修改/etc/hosts将其中的:

    127.0.0.1               localhost.localdomain localhost
    

    改成:

    127.0.0.1               saturn.geolab saturn
    
  3. 重启网络:

    sudo service network restart
    

添加EPEL源

EPEL即Extra Packages for Enterprise Linux 。CentOS为了保证系统的稳定性,只提供了少量的软件包,无法满足更多的需求。EPEL为CentOS提供了额外10000多个软件包,而且在不替换系统组件方面下了很多功夫,因而可以放心使用。

1
2
3
wget http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-2.noarch.rpm
sudo rpm -ivh epel-release-7-2.noarch.rpm
sudo rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-EPEL-7

除了EPEL之外,还有很多第三方软件源,如rpmforge等,具体可以参考CentOS的wiki页面,但由于不同软件源之间可能存在相同名称不同版本的软件,因而同时使用多个软件源时可能会造成冲突。因而只建议使用EPEL软件源。

安装yum-axelget

yum-axelget是yum的一个插件,使用该插件后用yum安装软件时可以并行下载,大大提高了软件的下载速度。

sudo yum install yum-axelget

第一次全面升级

sudo yum update

这个升级估计需要一段时间。。

编程环境的安装

GCC系列

yum install gcc                         # C编译器
yum install gcc-c++                    # C++编译器
yum install gcc-gfortran                # Fortran编译器
yum install compat-gcc-44               # 兼容gcc 4.4
yum install compat-gcc-44-c++           # 兼容gcc-c++ 4.4
yum install compat-gcc-44-gfortran      # 兼容gcc-fortran 4.4
yum install compat-libf2c-34            # g77 3.4.x兼容库
yum install gdb                         # 代码调试器

Intel系列

Intel的大部分软件都是非开源且收费的,但同时部分软件也提供了Linux下的非商业免费版。比如icc、ifort、mkl数学库以及代码性能分析工具等。

软件的申请以及安装参考《Intel非商业免费开发工具》。

Clang系列

Clang是一个C、C++、Objective-C和Objective-C++编程语言的编译器前端,其采用了LLVM作为其后端。它的目标是提供一个GCC的替代品。包括Clang前端和Clang静态分析器两个部分。

yum install clang               # clang编译器
yum install clang-analyzer      # clang静态分析器

其中clang静态分析器可以用于分析代码中可能出现的bug。

Java环境

yum install java                        # java运行环境

Perl环境

CentOS 7.0自带了perl 5.16.3,大概是两年前发布的版本,基本够用。

在需要安装某perl模块时,先使用yum搜索源中是否有别人准备好的包,若有则直接安装。尽量不要使用cpan安装模块。

Python环境

CentOS 7.0自带Python 2.7.5,基本可以满足需求。与Perl类似,需要相关模块时优先使用yum源中提供的包,尽量避免使用pip安装模块。

由于Python2和Python3的不完全兼容,因而很多时候还需要安装一个Python3,这就需要管理多个Python版本。

  • 安装pyenv来管理多个Python版本
  • 利用pyenv安装anaconda3(即Python 3.4)。
  • 申请anaconda的学术版License,并更新anaconda。

其他软件

yum install cmake

驱动安装

安装显卡驱动

Linux默认只使用开源的显卡驱动,就目前的情况来看,开源驱动的效果还是不错的,但跟官方的闭源驱动相比还是有一定差距的。最明显的区别是,在使用SAC的ppk功能放大波形时,使用开源驱动会出现延迟,而使用官方闭源则整个过程非常顺畅。

驱动的安装过程参考”安装NVIDIA显卡驱动“ 一文。需要注意的是,在安装显卡驱动之后,若更新了kernel,会出现无法进入kernel的情况,即每次更新kernel之后都需要重新安装显卡驱动,这点需要注意。

日常软件安装

办公软件

办公软件可以选择大多数Linux发行版都有的LibreOffice:

sudo yum install libreoffice

LibreOffice与Microsoft Office的兼容性不太好,操作界面与MS Office也有较大差异,让人不太习惯。

如果在Linux对于文档处理有更高一些的要求,可以尝试目前还处于测试版的WPS Office for Linux,安装过程参考CentOS下安装WPS Office一文。WPS Office的兼容性以及界面都比LibreOffice要好很多,值得期待,当然还是不能做到完全兼容MS Office。

Google Chrome浏览器

/etc/yum.repo.d/目录下新建文件google-chrome.repo,向其中添加Google Chrome源,内容如下:

[google-chrome]
name=google-chrome
baseurl=http://dl.google.com/linux/chrome/rpm/stable/$basearch
enabled=1
gpgcheck=1
gpgkey=https://dl-ssl.google.com/linux/linux_signing_key.pub

安装:

yum install google-chrome-stable

中文输入法

系统自带的中文输入法为ibus,使用效果一般,基于fcitx框架的搜狗输入法是更好的选择。参考CentOS7安装搜狗输入法

其他软件

yum install nfs-utils       # 挂载NFS文件系统所必须
yum install p7zip           # 7z格式压缩和解压
yum install git             # 源码版本控制
yum install xclip           # 终端的文本复制工具
yum install ImageMagick     # 其中的import和convert命令很有用
yum install ntfs-3g         # 用于挂载NTFS格式的硬盘

使用zsh

安装zsh及其配置oh-my-zsh

Mendeley

文献管理软件,需要先安装qtwebkit,然后基本解压后即可使用。

HostTool

修改Google、twitter、youtube、wikepedia、dropbox等的host文件。该软件用Python写成。

HostTool:https://hosts.huhamhire.com/

地球物理相关

  1. 安装SAC,参考《SAC参考手册》中的相关章节。
  2. 安装GMT4
  3. 安装GMT5
  4. 安装TauP
  5. 安装rdseed(seed格式转SAC格式)
  6. 安装win32tools(Hinet自定义的win32格式转SAC格式)
  7. 安装pssac

模块、插件等等

Python模块

  • python-requests:网页请求
  • PyQT4:Qt4的Python绑定

Perl模块

  • Parallel::ForkManager:并行

Vim插件

  • bundle:vim插件管理
  • powerline:状态栏增强
  • nerdtree:文件浏览器
  • vim-colors-solarized:solarized配色
  • YouCompleteMe:代码补全
  • delimitMate:括号补全
  • indentLine:显示缩进对齐

修订历史

  • 2014-07-15:初稿;
  • 2014-09-05:EPEL已经发布正式版;修改了epel-release的下载链接;修订了import步骤的错误;
  • 2014-09-20:将小小输入法改为搜狗输入法;

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