深度学习在医学中的应用进展
近年来,随着大数据的可用性提升以及计算机算力的提高,深度学习在图像识别、语音识别和自然语言处理等领域取得了一定成果,为医学的发展提供了新方向,例如智能医疗问诊、个性化诊疗方案设计、医疗影像辅助判读等。然而,深度学习在应用时也存在许多问题,例如可复用性不强和可解释性不足等。本文主要阐述深度学习的发展史及其在医学领域的一些最新进展,并对其在医学应用中的一些问题进行分析和探讨。
深度学习是一种基于人工神经网络的机器学习技术,可通过模拟人脑处理信息的方式来解析数据。深度学习模型通常由多层“神经元”组成,每一层都可提取不同级别的特征,其可自动从大量数据中学习特征,无需人工提取,因此广泛应用于图像识别、语音识别和自然语言处理等领域。深度学习模型通常需大量的数据和计算资源进行训练,训练完成后,模型对新数据将表现出优异的处理能力。
一、深度学习发展概述
1958年,Rosenblatt提出了感知机模型 ,其为可进行简单分类任务的人工神经网络。此后,由于缺乏训练深层神经网络的方式,相关研究一直局限于浅层的神经网络,直到1986年反向传播算法被提出,才可实现多层神经网络的训练。2006年,Hinton等,又提出了一种有效训练深层神经网络的方法,称为“深度置信网络”,这标志着深度学习研究的进一步发展。随着大数据可用性提升以及图形处理单元计算能力的提高,深度学习的应用迎来了快速发展。2012年,Krizhevsky等 使用卷积神经网络(convolutional neural network,CNN),通过卷积层提取图像空间特征,减少参数数量,使模型可高效处理高维度数据。随着技术的进一步发展,Vaswani等 复杂模型开始出现,在机器翻译和文本生成中具有更大的优势,并被引入视觉领域,其在工业检测、遥感、医疗影像等方面均有较好的应用价值。Transformer模型采用了一种完全基于注意力机制的架构,可并行处理整个序列,明显提高了效率。近几年,随着算力的进一步提升,使用大量图形处理单元或张量处理器资源进行训练的大规模语言模型(large language model,LLM)开始发展。LLM通常由数以亿计甚至数以千亿计的参数构成,并经过大规模文本数据的训练,具备生成高质量文本、回答问题、翻译语言、总结内容等能力。相关LLM(例如Chatgpt、文心一言等)被广泛应用于聊天机器人、内容创作、文档分析等多个领域,成为目前人工智能技术中最具影响力的工具之一。
二、深度学习在医学中的应用
早期的研究主要利用简单的神经网络模型处理医疗影像的辅助诊断,以及进行风险评估及预后分析等任务。近年来,随着模型能力的不断提升,深度学习已越来越多地应用于医学实践中,例如血细胞形态学检查和急性髓系白血病诊疗等 。以下将阐述深度学习在医学中的具体应用情况。
1. 深度学习在肿瘤诊断和预后中的应用:为准确识别肿瘤类型和评估患者生存期,需解决肿瘤异质性、检测方法侵入性和特征选择不稳定性等问题。深度学习技术通过其强大的特征提取能力,可有效综合分析基因表达数据和临床数据。Albaradei等 开发了DNNraw深度学习方法,可利用循环肿瘤细胞mRNA数据,预测6种肿瘤类型,平均准确度可达0.96通过,将其与5种中心基因排序算法和支持向量机等传统机器学习算法进行比较,证明了深度学习框架在识别潜在肿瘤生物标志物方面具有优越性。通过对乳腺癌预后生物标志物研究数据进行高通量分析,Chereda等 , 提出了基于图卷积神经网络和逐层相关性传播的特征选择方法,通过在高维基因表达数据中包含分子网络信息,可生成稳定且具有生物学可解释性的基因列表,为预测乳腺癌预后提供了重要参考。此外,深度学习还可基于多模态的影像和临床数据等预测患者生存率,Gensheimer等 证明,基于机器学习的深度学习模型在生存预测方面可比主治医生作出更准确判断,并可结合高维基因表达、微小RNA表达数据和临床信息搭建出更具可解释性的深度学习框架,用于乳腺癌和卵巢癌患者的预后预测。此外,Wei等 进一步整合了组织病理学图像,提出了MultiDeepCox-SC深度模型来预测胃癌患者总生存期,其生存期预测的准确性C指数从0.66提高到0.74,同时识别出生存时间相关的重要遗传和临床风险因素。但目前研究常集中于特定肿瘤类型,数据来源单一,缺乏对多模态数据综合利用的深入探讨,这可能限制了模型的广泛应用。此外,多数研究的样本量有限,未能充分验证模型在不同人群中的通用性。
2. 深度学习在传染病检测中的应用:深度学习的快速发展为快速准确识别和预测传染病的传播趋势提供了有力支持。Kardos等 开发的基于深度学习的CT严重程度评分算法,可量化肺实质的受影响区域,有效识别新型冠状病毒感染相关的肺部改变,即使在逆转录聚合酶链式反应尚未阳性的早期阶段也可检测出病变,提高了诊断特异性和阳性预测值的准确性。在大流行病毒预防方面,Thdanai等 提出的EVEscape框架,可通过结合历史序列的深度学习模型和生物物理信息,准确预测病毒突变的逃逸潜力。该框架预测新型冠状病毒大流行变异的准确性与高通量实验扫描基本一致,因此可应用于其他病毒,如流感病毒、人类免疫缺陷病毒和拉沙病毒等,这些均展示了深度学习在预测大规模病毒逃逸方面的强大潜力,但该模型的复杂性和对生物物理信息的依赖性使其对人员的专业性要求更高。
在流感样疾病(influenza-like illness,ILI)传播预测方面,Athanasiou等 采用结合迁移学习的长短期记忆神经网络,对ILI监测数据、天气和推特数据进行语义特征提取,实现了对每周ILI病例的准确预测,展示了使用更多公共数据源在增强传染病监测中的潜力。
此外,在传染病预防方面,深度学习可预测疫苗的潜在靶点,助力疫苗开发。Preeti等 使用Vaxi-DL深度学习平台,通过利用蛋白质的多种生物化学特性,筛选潜在的疫苗候选物,有望加速从细菌、原生动物、病毒和真菌中寻找新疫苗候选物的过程。然而,现有的深度模型需增强可解释性,以便医学专家和公共卫生决策者更好地理解和信任这些模型的输出结果,从而促进模型在临床和公共卫生中的应用。此外,模型通常需大量标注数据进行训练,数据获取和标注成本较高,也限制了算法的推广和应用。
3. 深度学习在慢性和综合性疾病诊治中的应用:深度学习技术可应对慢性疾病机制的复杂性、综合性疾病数据特征的异质性,通过多模态检测数据的有效整合,不仅可提高疾病预测准确性,还可提供具有生物学可解释性的特征列表,为精准医疗和疾病机制研究提供有效支持。在慢性阻塞性肺病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的诊断中,Zhuang等 提出的卷积图神经网络方法是一种结合蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPI)网络和组学数据方法,其使用AhGlasso算法重建COPD相关的PPI网络,提高了模型预测COPD分类的准确性,并通过应用SHAP方法解释了模型决策,且识别出CXCL11、IL-2等关键基因。目前,多基因风险评分(polygenic risk score,PRS)预测因子已被用于预测各种疾病,如2型糖尿病、冠状动脉疾病和乳腺癌 等。Sigurdsson等 通过基因组-局部-网络模型整合大规模基因组学数据,并使用分类独热编码以支持多任务学习,对1型糖尿病预测性能优于线性PRS法,同时,其也可识别出广泛的非加性遗传效应和上位性效应,明显提高了预测290种疾病和疾病症状的能力。多组学数据的有效整合,使人们能在系统层面理解复杂的生物有机体。Zhang等 提出的深度潜在空间融合架构,通过学习样本潜在空间中的一致流形,即各组学数据之间的低维共性和相似性,来整合多组学数据,其应用于肿瘤基因组图谱中有重要生物学意义,能够进行生存预后和临床相关性分析。此外,多组学数据的高维性和异质性带来了计算复杂和数据融合的挑战,仍需进一步优化处理大规模和多模态数据的效率和准确性。深度学习在慢性以及综合性疾病中的应用前景广阔,但研究人员还应关注伦理问题,如数据隐私、算法公平性和数据分布不同带来的偏差等。综合考虑技术、伦理和社会因素,以推动深度学习在医学领域的广泛应用。
4. 深度学习在形态学检验中的应用:深度学习在形态学检验技术的应用逐渐成熟,已成为提升诊断精度的重要工具。在白细胞分割和分类任务中,Anand等 使用含4个卷积块的CNN模型对血细胞图像进行分割,并对单核细胞、淋巴细胞、嗜酸性粒细胞和中性粒细胞进行了高效分类,准确率可达97.98%,但该方法存在数据增强和预处理步骤复杂的缺点。在红细胞形态分析领域,Sadafi等 提出的RedTell工具结合Mask R-CNN进行细胞分割,实现了对红细胞形态的可解释分析,该模型还具有只需最少微调数据就可稳健运行的优势。此外,该工具可将红细胞分为棘形红细胞、盘状细胞和口形红细胞等,并可从显微图像中提取130多个特征,但该工具的分析效果严重依赖于数据集和少量标注信息的质量。在抗菌化合物筛选方面,深度学习指导下的抗生素发现为应对多药耐药性病原体带来了新希望。Liu等 通过消息传递神经网络筛选了约7 500种化合物,最终发现了对鲍曼不动杆菌具有窄谱活性的抗菌化合物,并将其命名为abaucin,揭示了机器学习在快速探索化学空间中的优势。总之,深度学习在形态学检验中的应用前景广阔,降低模型数据依赖性和计算复杂性将成为主要研究方向。
5. 深度学习在优化医疗自动化系统运行中的应用:优化医疗自动化系统的运行对提升手术流程识别的准确性及提高实时医疗数据处理与新药研发效率至关重要。面对手术过程的细粒度分割、医疗数据的实时处理以及高通量筛选中的大数据量和多样性等挑战,深度学习展现了其强大的应用潜力。手术过程的细粒度分割和手术流程识别准确性的提高,促进了自主机器人手术的实现,Liu等 开发的由卷积神经网络和图神经网络组成的多层次自动化深度模型,将识别机器人左外侧切除术的手术流程步骤、任务和活动的总体准确度分别提升至0.96、0.88和0.82,但模型在处理复杂手术场景的稳定性和鲁棒性尚未得到充分测试。De等 开发了一种使用深度神经网络来检测非有机物品的算法,该算法学习了65 927个手动标记的仪器提取信息,并通过精准的术中器械检测,解决了3D模型中手术流器械的顶部叠加等识别难点,提高了增强现实引导手术的可用性和安全性,并缩短了增强现实手术技术0.5 s的延迟。针对实时医疗数据处理中的灾难性遗忘问题,即模型为了适应新任务进行权重更新时,可能会破坏有利于旧任务的权重,导致旧任务的性能显著下降,进而导致新旧模型融合失败的问题,Guo等 提出了一种基于联邦学习的医疗实时数据流处理方法,使用旧数据中的代表性示例帮助新模型复习旧知识,成功融合新旧模型,缓解灾难性遗忘问题的同时,明显节省了时间和空间资源。随着联邦学习的广泛应用,在保障数据隐私的同时,提高模型的学习效率和数据通信效率,也将是未来研究重点。Cell Painting是一种基于多重细胞图像的高内涵的细胞学分析方法,针对早期药物发现中识别靶标的活性化合物费时费力的难点,Fredin等 在Cell Painting数据上训练ResNet50,预测化合物在140个不同的测定中的活性,平均受试者工作特征曲线(ROC)达到0.744,同时保持了较高的药物发现命中率和化合物骨架多样性,有效减少筛查活动的规模,加速高通量筛选。
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6. 深度学习在个性化医疗中的应用:个性化医疗的发展依赖于精准的风险评估与针对性的治疗方案,深度学习可从电子病历中提取有价值信息,进而预测患者的临床结局和辅助诊断决策,也可预测个体对不同药物的反应,从而辅助制定个体化用药策略。目前,主要通过人工评估静脉血栓栓塞(venous thromboembolism,VTE)的风险和提出预防措施,其效率低且应用范围较窄。因此,Yang等 中提出了一种双分支深度学习方法,用于自动化评估VTE风险,平均评估时间仅0.37 s,曲线下面积为0.883。在个性化治疗方面,Liu等提出了基于深度强化学习的近端策略优化排名系统,通过分子和临床特征学习,推荐最合适的药物,在大规模癌细胞系数据集上的表现优于监督学习方法,证明了其在精准医疗的应用前景,但该方法的长期有效性和临床应用中的复杂性尚未得到全面评估。
在健康监测与诊疗方面,Ryu等 描述的iApp系统结合了听诊传感器、摄像头和定制硬件,通过深度多模态学习模型,对腹部分区进行分类的准确率可达89.46%,验证了远程诊断的可行性,为未来在保护患者数据隐私的基础上,通过自动化的检查、听诊、叩诊和触诊并实现全远程诊断奠定了基础。随着物联网设备和可穿戴技术的发展,实时监测和大规模数据处理的能力将进一步推动个性化医疗的发展。个性化医疗的复杂性决定了它需多学科合作,包括医学、信息学、伦理学等多个领域。深度学习的应用需与这些领域的专家共同开发,以确保其在临床实践中的可行性和伦理合规性。
7. LLM在医学中的应用:近年来,LLM的发展为医学发展提供了新的研究方向。Zakka等 介绍了一个结合检索功能的LLM框架“Almanac”,用于医疗指南和治疗建议,并在临床场景中展示了显著的事实性改进。Johnson等 使用“常见的癌症误区和误解”网站上的问题,评估 ChatGPT在癌症信息判断上的准确性,并与美国国家癌症研究所的答案进行比较,结果显示ChatGPT的准确率达到了96.9%。LLM在医学文献的处理方面同样表现突出 ,尤其是在生物医学自然语言处理任务中,这包括命名实体识别、关系提取、多标签文档分类等。这些模型帮助研究人员和临床医生应对信息过载,尤其是在处理复杂的实验室结果和临床记录时。然而,尽管潜力巨大,但其准确性和伦理问题值得关注。LLM的这一应用需谨慎使用,且仍然离不开相关专家的人工介入和验证。目前来看,LLM的训练需要大量的数据和算力,这使得其在医疗领域的发展受限。尝试通过对已有的预训练大模型进行微调 ,从而建立某个医疗子领域大模型,例如检验科大模型的方式可能会有更好的落地前景。
三、深度学习模型应用的相关问题
虽然深度学习的相关应用研究在医学领域具有极大潜力,但是其在医学领域的应用依然存在一些问题。
1. 模型泛化性方面:由于数据分布的差异,同一模型在不同医院的应用效果不同,为提高模型可复用性与泛化能力,可通过迁移学习等方式来整合不同医院之间的数据特征,保证特征在类别、单位等方面保持一致。此外,知识蒸馏作为一种常用的模型压缩方法,通过构建一个轻量化的小模型,利用性能更好的大模型的监督信息,来训练这个小模型,以期达到更好的性能和精度。知识蒸馏可将教师模型的泛化能力有效地传递给学生模型,使其具有较好的泛化性,例如,Qin等提出了一种高效的医学图像分割架构,通过知识蒸馏技术将复杂模型的知识传递给轻量级网络。
2. 多源数据协作方面:在处理罕见病或数据量需求较大的医疗任务时,整合多家医院的数据是一种常见思路。然而,由于不同医院收集数据的方式、规范、尺度可能不同,因此在整合数据时,必须先经过充分的预处理和规范化,以充分利用多源数据协作优势。
3. 隐私保护方面:在多家医院协作时,隐私保护是一个重要问题。联邦学习是一种分布式机器学习框架,能够让分散的各参与方在满足不向其他参与者披露隐私数据的前提下,协作进行机器学习的模型训练。为避免数据传输,可采用联邦学习的方式 ,通过上传和下载模型参数或梯度,在实现数据不外传的情况下,完成统一模型训练。
4. 模型可解释性方面:深度学习模型通常为黑盒模型,大多数只能提供最终预测结果,而无法描述分析过程及合理解释最终结论。为增强模型的可解释性可采用可视化方法,例如Gu等结合注意力机制给出模型关注区域,使深度学习模型在相关影像中判读的依据可视化。
5. 医学伦理方面:使用深度学习模型时,应避免引入性别、人种、年龄等偏见 ,使用全面的数据集可有效避免这种情况。此外,需建立责任归属机制、患者知情与同意机制,并对深度学习模型的表现进行长期监测与评估,以有效应对医学伦理问题。
深度学习在医学中的应用方向及相关问题分析进行了总结,见 图 。

四、机遇与展望
深度学习在医学领域的应用前景广阔。随着计算技术进步和数据量增加,深度学习模型能够在多种医学任务中提供高效精确的解决方案。然而,深度学习的应用还存在可复用性和可解释性等问题。未来,随着模型优化和数据保护技术的提高,深度学习将在提高医学自动化水平、减少人为错误、降低成本等方面发挥更大作用,以期推动精准医疗和预防性医疗策略的实施,改善患者治疗效果和生活质量。
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