Nature-Skills 详细使用手册

Nature-Skills是一套面向学术写作与发表的Claude Code技能集合，包含9个核心功能模块，专为Nature/Cell/Science等顶级期刊的论文撰写与发表需求设计。该工具集遵循五大设计原则：基于一手资料、显式输出、章节感知、成品导向和可扩展性。主要功能包括学术文本润色(nature-polishing)、稿件撰写(nature-writing)、科研图表制作(nature-fi

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Nature-Skills 详细使用手册

版本: 1.0.0 | 仓库: Yuan1z0825/nature-skills | 适用平台: Claude Code / Codex

概述
安装与配置
nature-polishing — 学术文本润色
nature-writing — 学术稿件撰写
nature-figure — 科研图表制作
nature-citation — 文献引用检索
nature-data — 数据可用性声明
nature-reader — 论文全文阅读器
nature-response — 审稿意见回复
nature-paper2ppt — 论文转演示文稿
nature-academic-search — 多源文献检索
常见工作流组合
常见问题与故障排除

1. 概述

Nature-Skills 是一套面向学术写作与发表的 Claude Code 技能集合，由上海交通大学博士生 Yuan Yizhe 开发维护。所有技能均遵循从 Nature/Cell/Science 等顶级期刊的官方指南、已发表论文模式及结构化写作课程中提炼的规则。

1.1 九大技能速览

技能	状态	一句话用途
nature-polishing	Stable v5.0.2	Nature 风格学术英文润色（中→英亦可）
nature-writing	Draft v0.2.0	从零起草 Nature 风格稿件各部分
nature-figure	Stable	Python/R 出版级科研图表
nature-citation	Beta	为稿件自动查找 Nature/CNS 引用
nature-data	Draft	Data Availability 声明与 FAIR 元数据
nature-reader	Beta	中英对照论文全文 Markdown 阅读器
nature-response	Beta v0.1.0	逐点回复审稿意见
nature-paper2ppt	Beta	论文→中文 PPTX 演示文稿
nature-academic-search	Beta	多源文献检索（PubMed/CrossRef/arXiv）

1.2 五大设计原则

一手资料优先 — 所有规则均源自 Nature 官方指南、已发表论文和结构化课程
显式优于隐式 — 每个输出都有明确的结构、来源和边界标注
章节感知 — 技能理解论文各部分（摘要/引言/结果/讨论）的不同职责
输出优先 — 每个技能产出可直接使用的成品（文本/图表/PPTX），而非仅给建议
可扩展设计 — 技能间相互独立，可按需组合使用

2. 安装与配置

2.1 克隆仓库

mkdir -p ~/ai-skills
cd ~/ai-skills
git clone https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git

2.2 Claude Code Subagent 方式（推荐）

为每个技能创建 subagent wrapper，指向仓库中的 SKILL.md：

mkdir -p ~/.claude/agents

以 nature-polishing 为例：

---
name: nature-polishing
description: Polish academic prose into Nature-leaning English...
---

When invoked, first read `~/ai-skills/nature-skills/skills/nature-polishing/SKILL.md`.
Treat that file as the governing workflow.

启动新的 Claude Code 会话后，直接说出匹配任务即可自动触发相应技能。

2.3 更新

cd ~/ai-skills/nature-skills && git pull

Wrapper 指向的是固定路径，更新仓库后无需重新配置。

3. nature-polishing

Nature 风格学术文本润色

3.1 触发条件

当用户提及以下任一需求时自动激活：

润色稿件段落、摘要、引言、结果、讨论、结论、标题、方法
将中文草稿改写为发表级英文
改善学术写作的逻辑结构
“polish my abstract” / “润色” / “改写成Nature风格”

3.2 核心立场

语言服务于论证 — 不润色推理有问题的句子
读者同理心 — 按 relevance → novelty → trust → reuse → meaning 顺序组织
不过度发明 — AI 不编造数据、参考文献、机制或新颖性声明
如果原稿是中文或结构粗糙，先重建逻辑，再润色文字

3.3 论文类型识别

润色前先判断论文类型，不同类型采用不同叙事逻辑：

类型	读者关注点
Research paper	为什么这个现象重要、做了什么、发现了什么、意味着什么
Methods paper	方法是否有效、是否可复现、在公平比较下是否更好
Hypothesis-based	论证试图建立或排除某种因果解释
Algorithmic/device	提出了一种程序/工具/系统，需展示性能可靠且优越

3.4 沙漏结构

引言：从广泛背景 → 聚焦到具体缺口/问题/假设/方法
讨论/结论：从具体发现 → 重新扩展到与文献的关联

3.5 写作顺序建议

研究论文：Results → Introduction/Conclusion → Title → Discussion → Methods → Abstract

方法论文：Methods → Results → Introduction → Conclusion → Discussion → Abstract

3.6 各章节职责

引言 (Introduction)

告诉读者为什么这个工作重要
解释它填补了什么空白
说明已知什么、仍有什么未解决
陈述论文要回答什么问题
不要在此总结结果或结论

结果 (Results)

主要使用过去时
报告观察到了什么，在什么条件下，有什么定量支持
恰当且谨慎地使用统计
回答"what happened"，而非"what it ultimately means"

讨论 (Discussion)

工作如何适应更广泛的领域
对理解增加了什么
研究结果如何被解释
这种解释何时可能失效
Results = 观察到什么 | Discussion = 如何理解，以及何时可能失效

结论 (Conclusion)

三段式收尾：

重申核心贡献
总结关键证据或结果
陈述含义及边界

标题 (Title)

告诉读者应该期待什么
避免不必要的技术语言
易于搜索
有数据支撑
激发好奇心但不牺牲可信度

材料与方法 (Materials and Methods)

具体、完整、透明、可复现
禁止模糊表述：under standard conditions、using routine methods、data were analyzed statistically、differences were significant、samples were randomly assigned、the method was validated

3.7 句子与段落控制

规则	说明
句子长度	10-30 词，不超过 30 词
一句一意	每句只承载一个核心主谓命题
段落一意	每段一个核心观点 + 支撑材料
末句检查	段落最后一句容易过长过弱，需刻意检查
破折号	默认不使用 em dash，改用逗号、括号或短句

3.8 中译英模式

先提取核心命题
不要逐句机械翻译
重建显式逻辑连接：对比、因果、含义、限制
验证术语、因果关系、hedging、学科细微差别
保持关键技术术语不变

3.9 引用与学术伦理

引用你真正读过并验证过的来源
写清楚论文如何在前人基础上构建
AI 交通灯边界：
- 🟢 Green：改进语法/清晰度、生成大纲选项、翻译
- 🟡 Yellow：解释方法/结果、起草审稿回复框架（需逐行核实）
- 🔴 Red：让 AI 从零起草核心论证、插入未核实的参考文献/数据

3.10 输出格式

[润色后的纯文本]

Revision notes:
- 结构性改动 1
- 结构性改动 2
- 修辞层面改动
- （若改变章节逻辑，需明确说明）

4. nature-writing

Nature 风格学术稿件撰写

4.1 触发条件

当用户需要从零创建或重建稿件文本（而非仅润色现有句子）时激活。包括撰写摘要、引言、结果叙述、讨论、结论、标题或全篇稿件大纲。

4.2 核心立场

作者提供的证据优先 — 不发明结果、机制、参考文献等
先写论证，再写句子
使用"大胆但有限制的主张"（ambitious but bounded claims）
如果关键证据缺失，写占位符或向用户索取，不要自行填补

4.3 撰写流程

构建一句话论证：In [system/problem], we show [advance] using [approach], supported by [evidence], with [boundary].
从 references/article-architecture.md 选择章节架构
将每个段落映射到一个职责：背景/缺口/方法/结果/比较/机制/含义/限制
从证据向外撰写，让主张靠近支撑数据
校准动词强度：show > demonstrate > suggest > indicate > enable > may > could
移除无支撑的新颖性和普遍性声明
运行段落流畅度检查
返回文本 + 假设与缺失输入的说明

4.4 各章节默认模式

摘要 (Abstract)

context/problem → gap → approach → key result → implication → boundary

技术/AI/ML/方法类论文可选择：

challenge → contribution
challenge → insight → contribution
multiple contributions

引言 (Introduction)

field scale → bottleneck → prior attempts → unresolved gap → present study

结果叙述 (Results)

system/workflow → validation → main result → baseline comparison
→ mechanism/diagnostic analysis → application/generalization

讨论 (Discussion)

central advance → evidence meaning → relation to prior work → constraints → future use

结论 (Conclusion)

contribution → decisive evidence → implication → boundary

4.5 输出格式

Draft:
[所请求的文本]

Section outline:
- 要点 1
- 要点 2
- ...

Assumptions or missing inputs:
- 实质性问题

Claim-evidence map:
| Claim | Evidence | Status |
|-------|----------|--------|
| ...   | ...      | supported/needs evidence |

Why this structure:
- 理由 1
- 理由 2

5. nature-figure

出版级科研图表制作

5.1 触发条件

Python/R 科研图表：柱状图、趋势线、热力图、雷达图、多面板组合图
输出 SVG/PDF/TIFF 格式
提及 “Nature style”、“publication figure”、“paper figure”、“SCI figure”、“figures4papers”
请求改进图表逻辑、美观度、面板布局或期刊适配度

5.2 不适用场景

Plotly/Altair/Bokeh 等交互式图表
纯探索性数据分析（无发表目标）
3D/GIS 为主要工作流
Illustrator/Figma 优先的布局设计

5.3 后端语言选择（阻塞门）

这是一道必答题：如果用户未明确选择 Python 或 R，技能必须提问 “Python or R?” 然后停止等待。不可默认选择，不可用另一种语言生成预览图。

选定的后端用于所有图表生成、预览、导出和 QA。不可跨语言渲染。

5.4 图表契约（先于绘图）

在写代码前确定：

核心结论：图表要捍卫的一句话主张
证据链：将每个计划面板映射到主张，删除不承担独特证据的面板
原型分类：
- quantitative grid：定量数据网格
- schematic-led composite：示意图主导的复合图
- image plate + quant：图像板+定量
- asymmetric mixed-modality figure：非对称混合模态
后端：Python 或 R，全程专用
期刊/导出合约：最终尺寸、可编辑文本、源数据、统计、图片完整性说明、导出格式

5.5 Python 快速启动

import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt

mpl.rcParams.update({
    "font.family": "sans-serif",
    "font.sans-serif": ["Arial", "Helvetica", "DejaVu Sans", "sans-serif"],
    "svg.fonttype": "none",       # SVG 中文本可编辑
    "pdf.fonttype": 42,           # PDF 中 TrueType 文本可编辑
    "font.size": 7,               # 仅大幻灯片面板使用 15-24
    "axes.spines.right": False,
    "axes.spines.top": False,
    "axes.linewidth": 0.8,
    "legend.frameon": False,
})

def save_pub_py(fig, filename, dpi=600):
    fig.savefig(f"{filename}.svg", bbox_inches="tight")
    fig.savefig(f"{filename}.pdf", bbox_inches="tight")
    fig.savefig(f"{filename}.tiff", dpi=dpi, bbox_inches="tight")

5.6 R 快速启动

library(ggplot2)
library(patchwork)

theme_set(
  theme_classic(base_size = 6.5, base_family = "Arial") +
    theme(
      axis.line = element_line(linewidth = 0.35, colour = "black"),
      axis.ticks = element_line(linewidth = 0.35, colour = "black"),
      legend.title = element_text(size = 6.2),
      legend.text = element_text(size = 5.8),
      strip.text = element_text(size = 6.2, face = "bold"),
      plot.title = element_text(size = 7, face = "bold"),
      panel.grid = element_blank()
    )
)

save_pub_r <- function(plot, filename, width_mm = 183, height_mm = 120, dpi = 600) {
  w <- width_mm / 25.4; h <- height_mm / 25.4
  svglite::svglite(paste0(filename, ".svg"), width = w, height = h); print(plot); dev.off()
  grDevices::cairo_pdf(paste0(filename, ".pdf"), width = w, height = h, family = "Arial"); print(plot); dev.off()
  ragg::agg_tiff(paste0(filename, ".tiff"), width = w, height = h, units = "in", res = dpi); print(plot); dev.off()
}

5.7 色彩策略

优先使用方法族统一色系，而非最大化色相分离
对于密集型 Nature Machine Intelligence 风格图表，使用低饱和度 “NMI pastel” 色系
绿色/红色主要保留给增益、下降和方向性提示

5.8 默认操作姿态

优先使用一个 hero panel 加辅助证据面板，而非用等大小子图填充画布
图表背景保持白色（显微/体积渲染图像板除外）
优先使用直接标签而非图例（尤其当类别空间位置固定时）
每图保持克制配色：一个中性色族 + 一个信号色族 + 一个强调色族
将统计量、样本量(n)、误差线定义、源数据可追溯性视为图表的一部分

5.9 已安装运行时/包缺失处理

如果选定的运行时（R/Python）或所需的包不可用，在渲染前停止并报告具体缺失。可以提供安装命令或脚本，但不可回退到另一种语言生成替代图。

6. nature-citation

Nature/CNS 文献引用检索

6.1 触发条件

“分段引用”、“自动给出引用”、“Nature系列引用”、“CNS及子刊”
“支撑文献”、“补引用”、“找引用”
导出 EndNote/RIS/ENW/Zotero RDF

6.2 期刊范围

用户表述	搜索范围
`Nature系列`	Nature Portfolio 优先：Nature、Nature [field]、Nature Communications、Communications [field]、Scientific Reports、npj 系列
`CNS`	Cell、Nature、Science 及其主要姊妹刊
`CNS及其子刊`	Nature Portfolio + AAAS Science family + Cell Press 认可期刊
`只要Nature/Science/Cell正刊`	仅限旗舰刊 Nature、Science、Cell

期刊组合可能更新，关键投稿前需核实最新官方页面。

6.3 工作流

Step 1: 文本分段

按段落边界分割，再按句子
每段聚焦一个可引用观点
保留原始顺序，分配稳定 ID（S001, S002, S003…）
跳过明显的非可引用连接句

Step 2: 解析每段

提取核心主张（一句话）
识别主张类型：mechanism / association / method / clinical / epidemiology / background / definition / review-context
识别实体、干预/暴露、结局、人群/模型、方向性、边界
生成 2-4 个英文检索查询（精确查询、同义查询、背景查询、方法查询）

Step 3: 搜索候选论文

python scripts/nature_citation.py \
  --text "PASTE MANUSCRIPT TEXT HERE" \
  --scope cns \
  --outdir /tmp/nature-citation \
  --format enw \
  --with-artifacts

常用参数：

参数	用途
`--text-file`	从文件读取长文本
`--scope nature/cns/flagship`	设置期刊范围
`--from-year 2018 --to-year 2026`	限定发表年份
`--rows 40`	提高候选数量
`--per-segment 3`	每段保留的候选数
`--format enw/ris/zotero-rdf`	导出格式
`--batch-size 10`	分段批处理（11+ 段时推荐）
`--max-segments 20`	限制处理段数
`--mailto`	Crossref polite pool 邮箱

Step 4: 支撑等级评估

等级	含义
`strong support`	论文直接测试了相同关系/机制/方法，结果支持该段
`partial support`	论文支持部分主张或更窄条件
`background support`	论文支持领域背景，非具体主张
`contradictory/limiting`	论文与主张冲突或限定
`metadata-only candidate`	标题/元数据看起来相关，未核实摘要/全文

绝不引用 metadata-only candidate 作为支撑，必须先核实摘要或出版页面内容。

长文章策略

段数	策略
1-10	正常运行，完整行内分析
11-25	使用 `--batch-size 10`，输出紧凑摘要表 + HTML
26+	按章节分割，每部分独立运行，仅输出摘要表 + HTML

6.4 输出格式

交互式引用浏览器
- [citation_visualization.html 的绝对路径]  ← 在浏览器中打开

检索范围
- [Nature Portfolio / Science family / Cell Press / 旗舰刊 + 日期限制]

分段引用对应关系
S001: [原文段落]
  - [Author, year, title, journal, DOI]
  - 支撑等级: [strong/partial/background/limiting/metadata-only]
  - 插入建议: [句子后 / 从句后]

导出文件
- [references.enw / references.ris / references.rdf 的绝对路径]

风险和缺口
- [缺失全文核实 / 矛盾证据 / 无直接 CNS 文献等]

7. nature-data

Data Availability 声明与 FAIR 元数据

7.1 触发条件

Nature data availability 相关
研究数据共享、存储库选择
登录号、受限/敏感数据
FAIR 元数据检查
中文→英文数据可用性声明

7.2 默认立场

数据可用性声明是连接论文主张与证据审查的桥梁
不发明 DOI、登录号、存储库名称、许可、禁运日期等
优先使用公开的学科专用存储库
描述新生成的数据和重用的第三方数据
如数据不能公开共享，说明原因、谁控制访问、如何评估请求
数据、代码、材料和协议分开处理

7.3 工作流

确定目标期刊和文章类型
盘点支撑所有主要和补充结果所需的每个数据集
按访问路径分类每个数据集：
- public repository
- controlled access repository
- within paper or supplement
- reused public source
- third-party restricted
- available on justified request
- not applicable
先选择存储库和标识符策略，再起草文本
起草 Data Availability 声明（数据集→位置映射）
为支撑结论的公共数据添加正式数据集引用
运行 FAIR 和元数据审计

7.4 输出格式

Data Availability
[可直接粘贴的声明]

Repository and citation actions
- [具体行动或 "None"]

Missing information / risk flags
- [具体风险标记或 "None"]

中文核对
- [作者需确认的字段或 "无"]

8. nature-reader

中英对照论文全文阅读器

8.1 触发条件

翻译/阅读整篇论文
“中英文对照”、“原文对照”、“全文翻译解读”
提取图表并在正确位置展示
保留精确源锚点

8.2 非协商默认

当用户要求论文翻译/阅读时，默认生成段落级双语对照阅读器。

不可降级为：

仅中文摘要
无原文对照的论文审阅
无图表的标题
脱离源位置的要点列表
仅摘要/引言/选段

8.3 核心原则

翻译意义，不翻译风格。 保留论文结构、证据、hedging、术语、方程、单位和引用标记。

8.4 工作流

Step 1: 识别来源和论文类型

来源：可选文本 PDF / 扫描 PDF / 出版 HTML / DOI / arXiv / 粘贴文本
类型：发现/机制 / 方法/算法 / 资源/数据集 / 会议 / 综述/观点

Step 2: 构建全文档源映射

分配稳定 ID：

S001, S002… 正文
C001, C002… 图注
F001, F002… 图表
T001, T002… 表格

Step 3: 保守翻译

保留技术术语、基因/蛋白名称、公式、符号
不折叠方法细节为模糊文字
保持段落顺序和段落形态
标注 OCR/提取不确定的文本
长论文增量写入 paper.md，标记待处理块

Step 4: 提取并放置图表

将每个图表裁剪到 assets/
放置在正文中首次实质性提及的位置附近
保持图注与图表在一起
显示原文图注和中文翻译

Step 4b: 紧密切割

仅裁剪图表内容区域，不包括整个页面
使用正好包含视觉对象的最小矩形
排除页眉、页脚、周围文字

8.5 输出文件

文件	说明
`paper.md`	全文 Markdown 阅读器（主体）
`source_map.json`	稳定源锚点
`translation_notes.md`	术语、不确定性、布局说明
`assets/`	提取的图表
`reader.html`	浏览器预览（仅按需）

8.6 Markdown 格式示例

<a id="S001"></a>
**Source:** p.1 S001

**Original:** [source paragraph]

**中文:** [忠实中文翻译]

9. nature-response

逐点回复审稿意见

9.1 触发条件

审稿意见回复、编辑决定信
“审稿意见回复”、“逐点回复”、“修回信”
“大修回复”、“小修回复”、“如何回复 reviewer”
rebuttal letters

9.2 默认立场

每条审稿意见都须回答、交叉引用或明确标记为未解决
将每条回复映射到手稿证据、修订位置、合理的分歧或 AUTHOR_INPUT_NEEDED
不发明实验、分析、引用、行号、图表面板或手稿更改
简洁、证据链接式的回复优于长篇防御性解释
不同意时，先承认关切，再给出科学或范围层面的理由

9.3 工作流

识别任务模式和输入完备性：draft / audit / revise / triage-only / appeal-like
识别决定类型：minor revision / major revision / revise-and-resubmit / transfer after review
提取编辑指令 → 分配 E.1 等 ID，分割审稿意见 → 分配 R1.1、R1.2、R2.1 等 ID
每条按分类、严重性、行动标签、缺失输入、就绪状态和风险进行分类
起草文本前先做回复策略摘要
起草逐点回复（保留审稿意见原文）
将每个声称的修改映射到手稿位置/图表/表格/补充/引用/占位符
标记缺失的作者输入（而非编造细节）
运行 QA：完整性、可追溯性、事实性、语气、未解决风险

9.4 输出格式

Response strategy summary
- Decision type: [major/minor/...]
- Overall posture: [简述]
- Major risks: [关键风险]
- Suggested ordering: [建议顺序]

Comment-response tracker
| ID | Reviewer concern | Type | Severity | Proposed action | Missing author input |
|---|---|---|---|---|---|

Draft point-by-point response letter
[编辑可读的英文回复]

Manuscript change checklist
- [具体手稿更改或占位符]

Missing information / risk flags
- [未解决项或 "None"]

中文核对
- [中文确认项]

9.5 红线

❌ 不忽略任何审稿意见
❌ 不改变审稿意见原意的改写
❌ 不声称做了用户未提供的修订
❌ 不编排行号、图表面板、引用、统计结果
❌ 不使用敌对或指责性语言
❌ 不以时间/资金/便利为主要理由拒绝做要求的实验
❌ 不隐藏局限性

10. nature-paper2ppt

论文转 Nature 风格中文 PPTX 演示文稿

10.1 触发条件

制作期刊俱乐部/组会/论文分享 PPT/PPTX
“帮我把这篇论文做成中文 PPT”
学术报告幻灯片制作
支持生命科学、化学、材料、环境、物理、计算生物学等各领域

10.2 核心原则

用论文的科学论证作为演示主线。 默认幻灯片逻辑应帮助听众依次回答：

为什么这个问题重要？
论文解决了什么空白/瓶颈？
作者做了什么？
关键证据是什么？
为什么我们应该相信这个结果？
有什么新颖、可重用或广泛意义？
边界和开放问题在哪里？

10.3 精简模式（默认）

做：

仅读取理解论文论证所需的源材料
仅提取将在演示中出现的图表
以 PPTX 为主要交付物
运行轻量级结构检查

不做：

穷尽提取所有图表/页面/补充材料
除非 PDF 是扫描件，否则不运行完整 OCR
不安装新依赖（如现有工具可用）
不启动 GUI 或桌面自动化
不生成冗长的 markdown 脚本

10.4 工具链

跨平台 Python 优先：

PyMuPDF — 元数据/文本提取/页面渲染
Pillow — 图表裁剪/预览
python-pptx — 幻灯片创作
zipfile — 包验证

10.5 工作流

Step 1: 提取源材料

提取标题、作者、期刊、DOI、领域、论文类型、核心问题、主要主张、研究设计、关键方法、主要结果、关键图表、验证分析、局限性

Step 2: 论文分类

类型	推荐演示逻辑
Discovery/mechanism	question-to-evidence
Translational/applied	claim-first
Methods/algorithm/tool	problem-to-solution
Resource/dataset/atlas	workflow-to-validation
Clinical/population	design-to-inference
Review/perspective	evidence-map

Step 3: 默认幻灯片结构（12-16 张）

1.  标题页
2.  研究背景：为什么这个问题重要
3.  知识缺口 / 技术瓶颈
4.  论文核心问题与主张
5.  研究设计 / 技术路线 / 分析框架
6.  关键证据 1
7.  关键证据 2
8.  关键证据 3
9.  验证、对照或稳健性证据
10. 机制模型 / 方法优势 / 综合框架
11. 创新点与可复用价值
12. 局限性与未解决问题
13. 总结与讨论

Step 4: 图表选择优先级

设计/工作流图
主要证据图
验证或稳健性图
机制/模型/综合图
实践或概念含义图

标准 10-14 张幻灯片通常选择 4-8 个图表资产

Step 5: 撰写幻灯片内容

每张幻灯片包含：

中文标题（结论式标题：“PathAgent 主动识别信息不足并补充证据” 优于 “Case Study”）
幻灯片目的
建议布局
3-4 条简洁中文要点
选定图表资产
中文图注和解读
核心要点句
中文演讲者备注

Step 6: 页面排版规则

布局适应规则 — 不使用固定的 50/50 左右分栏：

图表情况	推荐布局
宽图/复杂图/主证据	全宽或接近全宽
纵向图/简短说明	高图+窄文字栏
需要更多水平空间	上/下堆叠
一侧明显主导	70/30、75/25 或 65/35 非对称分割
密集图表	裁剪到最关键面板，不缩放到不可读

页面饱满度规则：

大多数幻灯片应有稳定的顶部锚点、主导性中间块和底部锚点
不要因小图、短文字堆在角落或图注远离图表而造成大片空白

10.7 输出文件

文件	说明
`output/final_presentation_cn.pptx`	主要交付物：完整中文 PPTX
`output/qa_report.md`	质量报告
`output/assets/figures/`	提取的图表资源
`output/asset_manifest.md`	资产可追溯性文件（如有外部图表资产）
`output/ppt_outline_cn.md`	中文大纲（可选）
`output/figure_plan.md`	图表选择计划（可选）
`output/ppt_script_cn_with_figures.md`	逐页脚本（可选）

10.8 引用与署名规则

标题页：论文标题、作者、期刊/预印本服务器、年份、DOI
图表页：小型标签如 Source: Fig. 2b, Nature, 2024
改编内容标注 整理自 或 改绘自
不删除原始图标签或修改科学数据

11. nature-academic-search

多源文献检索

11.1 触发条件

需要超出单次 MCP 调用的协调性多步骤文献工作流时激活。

11.2 MCP 工具矩阵

核心检索

工具	来源	最适合
`pubmed_search_articles`	PubMed MCP	生物医学、MeSH、临床试验
`search_crossref`	paper-search MCP	跨学科、引用次数
`search_arxiv`	paper-search MCP	预印本（物理/数学/CS/生物）

扩展检索

工具	来源
`search_google_scholar`	paper-search MCP
`search_semantic_scholar`	paper-search MCP
`search_biorxiv`	paper-search MCP
`search_medrxiv`	paper-search MCP
`search_webofscience`	paper-search MCP
`search_scopus`	paper-search MCP

PubMed 工具

工具	用途
`pubmed_fetch_articles`	通过 PMID 获取完整元数据
`pubmed_find_related`	发现相关文章
`pubmed_format_citations`	APA/MLA/BibTeX/RIS 格式化
`pubmed_convert_ids`	DOI ↔ PMID ↔ PMCID 转换
`pubmed_lookup_mesh`	MeSH 词探索和层级
`pubmed_lookup_citation`	书目引用 → PMID 查找

11.3 来源路由表

用户需求	一级 (T1)	二级 (T2)	最后手段 (T3)
医学/临床	PubMed	Semantic Scholar	Google Scholar
跨学科	CrossRef	Semantic Scholar	Scopus
预印本/CS/物理	arXiv	bioRxiv/medRxiv	—
穷尽性综述	PubMed+CrossRef+arXiv	Semantic Scholar+bioRxiv/medRxiv	WoS/Scopus
引用次数敏感	Semantic Scholar	CrossRef	—
中文文献	—	—	CNKI/万方（手动）

11.4 五大工作流

编号	工作流	说明
WF1	多源文献检索	协调 PubMed + CrossRef + arXiv 搜索
WF2	引用验证	从文档中提取引用并验证
WF3	MeSH 检索策略	MeSH 术语探索、层级、子标题
WF4	引用文件管理	.nbib/.ris/.bib 格式转换
WF5	参考文献管理	BibTeX 格式化、相关文章、ID 转换

11.5 环境配置

# API 密钥（可选但推荐）
export SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY=your_key    # api.semanticscholar.org
export NCBI_API_KEY=your_key                # ncbi.nlm.nih.gov/account

# 代理（如在内网防火墙后）
export http_proxy=http://127.0.0.1:7890
export https_proxy=http://127.0.0.1:7890

# 飞行前检查
python scripts/preflight.py

11.6 格式转换器

# 测试转换管线
python scripts/format-converter.py --test

使用 Python 标准库，无额外依赖。

11.7 错误处理

MCP 工具不可用：报告具体失败，继续使用剩余工具
无结果：扩大检索词、尝试替代来源、建议用户精炼查询
脚本失败 2 次：回退到从 MCP 获取的元数据手动生成

12. 常见工作流组合

12.1 从零准备 Nature 投稿

nature-writing     → 撰写初稿
nature-figure      → 制作图表
nature-polishing   → 润色全文
nature-citation    → 补充引用
nature-data        → 撰写 Data Availability

12.2 论文修订周期

nature-reader      → 深度阅读审稿意见和手稿
nature-response    → 起草逐点回复
nature-polishing   → 润色修改后的段落
nature-figure      → 根据需要修改图表

12.3 期刊俱乐部/组会

nature-reader      → 深度理解论文
nature-paper2ppt   → 生成演示文稿
nature-figure      → （可选）重绘关键图表

12.4 文献调研

nature-academic-search → 多源检索
nature-citation        → 验证并导出引用
nature-reader          → 深度阅读关键论文

12.5 中文作者投稿流程

nature-writing     → 从中文笔记/草稿撰写英文初稿
nature-polishing   → 润色英文（中译英模式）
nature-citation    → 补充 CNS 引用（中文模式）
nature-data        → 数据声明（中英对照）
nature-figure      → 制作符合 Nature 标准的图表
nature-reader      → 中英对照检查终稿

13. 常见问题与故障排除

13.1 技能未被触发

症状：AI 给出通用回答而非使用技能工作流

解决：

是否在新的 Claude Code 会话中？（subagent 需要在启动时加载）
wrapper 是否指向正确的本地克隆路径？
请求内容是否明显匹配技能描述？

13.2 nature-figure 在错误的语言中生成图表

解决：技能会首先询问 “Python or R?”。选定后所有图表生成、预览、导出都绑定到该语言。如果需要切换，在新的对话中明确提出。

13.3 nature-citation 运行超时或结果不完整

解决：

长文本使用 --batch-size 和 --max-segments 参数
按章节分割文本，分别处理
使用 --with-artifacts 生成 HTML 浏览器供手动筛选

13.4 中文模式下输出不理想

nature-polishing：确保提供完整上下文（段落/章节），而非孤立句子
nature-writing：明确提供核心主张、证据和范围
nature-citation：确认期刊范围表述（Nature系列 vs CNS vs 正刊）

13.5 GitHub 更新未反映到本地

cd ~/ai-skills/nature-skills && git pull

Wrapper 指向的是固定路径，更新仓库后无需重新配置。

13.6 nature-paper2ppt 生成的 PPTX 无法打开

确认已安装 python-pptx
检查 output/qa_report.md 中的错误信息
尝试用 LibreOffice 打开验证（如已安装）

13.7 来源分层原则

所有技能内部使用来源的优先顺序：

目标期刊说明和投稿系统要求
Nature Portfolio / Springer Nature 官方政策
存储库特定要求和领域社区标准
FAIR 原则和 DataCite 元数据实践

如果策略细节可能已变更，提供最终建议前请先验证当前期刊页面。

附录：参考文件索引

各技能目录下 references/ 文件夹包含详细的参考文件。以下列出各技能的主要参考文件：

nature-polishing

文件	用途
`published-article-patterns.md`	Nature/Nature Communications 文章级写作模式
`writing-strategy.md`	段落/章节级论证修复
`section-moves.md`	章节特定句式模式（源自 Academic Phrasebank）
`phrasebank-playbook.md`	hedging/过渡/证据/限制/未来工作句式族
`style-guardrails.md`	学术风格检查、句子/段落检查

nature-writing

文件	用途
`article-architecture.md`	章节级结构、论证顺序
`abstract.md`	摘要模式（challenge-contribution 等）
`introduction.md`	引言起草
`related-work.md`	相关工作（主题综合，非逐篇列表）
`experiments.md`	围绕基线/消融/指标的实验规划
`conclusion.md`	有边界的结论
`chinese-author-workflow.md`	中文作者专用工作流

nature-figure

文件	用途
`figure-contract.md`	图表契约转换
`backend-selection.md`	Python/R 后端选择指南
`r-workflow.md`	R 工作流
`qa-contract.md`	最终交付前 QA
`design-theory.md`	排版、色彩理论、布局原理、导出策略
`api.md`	Python 调色板、辅助函数签名、验证规则
`nature-2026-observations.md`	真实 Nature 页面原型

nature-citation

文件	用途
`search-strategy.md`	检索策略和支撑等级
`journal-scope.md`	Nature/CNS 期刊范围定义
`ris-endnote.md`	RIS/EndNote/Zotero RDF 导出

nature-data

文件	用途
`policy-principles.md`	Nature/Springer Nature 数据共享政策
`chinese-author-alignment.md`	中文术语与中英对照
`statement-patterns.md`	声明模板
`repository-and-identifiers.md`	存储库选择和标识符
`fair-metadata-checklist.md`	FAIR 检查清单

nature-response

文件	用途
`intake-and-routing.md`	任务模式识别和输入路由
`response-structure.md`	回复信格式
`comment-taxonomy.md`	审稿意见分类
`action-mapping.md`	行动标签和跟踪字段
`tone-and-stance.md`	推荐/禁用措辞
`qa-checklist.md`	回复 QA 清单

nature-academic-search

文件	用途
`source-tiers.md`	来源层级和可靠性分类
`dedup-engine.md`	统一去重
`citation-parser.md`	引用提取
`ris-bibtex-format.md`	格式规范和字段映射

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目录

1. 概述

1.1 九大技能速览

1.2 五大设计原则

2. 安装与配置

2.1 克隆仓库

2.2 Claude Code Subagent 方式（推荐）

2.3 更新

3. nature-polishing

3.1 触发条件

3.2 核心立场

3.3 论文类型识别

3.4 沙漏结构

3.5 写作顺序建议

3.6 各章节职责

引言 (Introduction)

结果 (Results)

讨论 (Discussion)

结论 (Conclusion)

标题 (Title)

材料与方法 (Materials and Methods)

3.7 句子与段落控制

3.8 中译英模式

3.9 引用与学术伦理

3.10 输出格式

4. nature-writing

4.1 触发条件

4.2 核心立场

4.3 撰写流程

4.4 各章节默认模式

摘要 (Abstract)

引言 (Introduction)

结果叙述 (Results)

相关工作 (Related Work)

讨论 (Discussion)

结论 (Conclusion)

4.5 输出格式

5. nature-figure

5.1 触发条件

5.2 不适用场景

5.3 后端语言选择（阻塞门）

5.4 图表契约（先于绘图）

5.5 Python 快速启动

5.6 R 快速启动

5.7 色彩策略

5.8 默认操作姿态

5.9 已安装运行时/包缺失处理

6. nature-citation

6.1 触发条件

6.2 期刊范围

6.3 工作流

Step 1: 文本分段

Step 2: 解析每段

Step 3: 搜索候选论文

Step 4: 支撑等级评估

长文章策略

6.4 输出格式

7. nature-data

7.1 触发条件

7.2 默认立场

7.3 工作流

7.4 输出格式

8. nature-reader

8.1 触发条件

8.2 非协商默认

8.3 核心原则

8.4 工作流

Step 1: 识别来源和论文类型

Step 2: 构建全文档源映射

Step 3: 保守翻译

Step 4: 提取并放置图表

Step 4b: 紧密切割

8.5 输出文件

8.6 Markdown 格式示例

9. nature-response

9.1 触发条件

9.2 默认立场