题目

  • HPV（human papillomavirius)是人乳头瘤病毒，具有多个亚型，闲着没事，研究一下

下载序列

  • 从NCBI下载，ftp网址是：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Viruses/，在Linux下使用lftp工具下载。
  • 首先，登陆ftp，然后可以用ls查看当前文件夹下的目录和文件，包含了所有种类的viruse的目录，每个目录里面是对应的病毒的序列文件等。
lftp ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Viruses/
  • 然后，下载所有papillomavirus相关的文件夹下的文件，mget是批量下载命令，-c 支持断点续传，-d 创建相应的目录，-O 输出目录。由于文件较多，下载比较慢。
mget -c -d -O  ~/database/HPV/ ./*papillomavirus*/*

寻找HPV的各种亚型的基因组序列并整合

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