一。如果您只想运行托管在Github或Gist中的Python代码:

如tip# 8 here中所述,IPython Magic命令%load将用外部脚本替换Jupyter笔记本单元的内容。

源可以是计算机上的文件,也可以是URL。

Github或Gist托管脚本的技巧是将其指向原始代码的URL。您可以通过在GitHub上浏览脚本并在代码上方的工具栏中按Raw来轻松获取该URL。将从地址栏中提取的内容结合起来,得到以下内容:%load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

当你在Jupyter笔记本电脑中执行代码时,它会将代码拉入笔记本的命名空间。

有关通过GitHub或Gistshere和here使用原始代码的更多信息。有关其他魔法命令的更多信息,请参见here。

类似地,如果要将脚本作为文件引入,可以使用%run(或从命令行等效项)在笔记本中调用,请在笔记本单元格中使用curl,脚本将添加到当前目录。!curl -O https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

2。如果您想在GitHub上运行笔记本:

或者如果你想让其他人能够轻松地运行该笔记本。

看看这篇自然文章中强调的MyBinder.org。有关服务的更多信息可以找到here、here和here。

在MyBinder.org页面上,您可以将服务指向任何Github存储库。但需要注意的是,除非它在笔记本中是相当普通的python,否则您将遇到依赖性问题。您可以按照here和here的指导设置它来解决这个问题。

这是在我叉出一个最初未设置为使用绑定器系统的系统后生成this launchable repo的结果。另一个例子,这个基于a gist shared on a twitter exchange的R代码可以看到here。

使用它,您可以获得一个Launch Binder徽章,您可以将其添加到存储库中并随时启动它。请参见可以启动here的示例。

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