本文对Emergent simplicity in microbial community assembly—— 全文框架分析

原始文献Goldford J E , Lu N , Bajic D , et al. Emergent Simplicity in Microbial Community Assembly[J]. Science, 2018, 361(6401):469-474.
原始代码链接https://github.com/jgoldford/mcrm.

文章说明和系列内容

本系列更新主要是关于2018年一篇群落结构组成的文献进行阅读的分析和总结，将全文的过程进行分解。主要分为下面几个篇章。本系列的全部内容都为原创，由于个人水平有限，整理过程可能对一些理解不到位甚至错误，请辩证的阅读。

本文字数共（1902）大于阅读5分钟

• 论文全过程详细阅读整理
• 全文框架分析
• 文献模型过程推导
• 代码整理过程注释

本文主要对文献整理内容

• 前沿部分框架
• 逻辑框架
• 内容框架
• 讨论内容大纲

前沿部分框架

第一段：（研究背景）对群落的形成过程的研究缺少定量的、准确预测的理论与模型。
第二段：（引出研究可行性的基础）最近的一些研究中都发现群落的组装过程存在一些共通的特征。但这些特征多大程度能被推广缺少支撑的理论。
第三段：（引出研究内容）通过自上而下的实验探究群落中的规律并用数学模型描述这种规律，探究群落中竞争与共存的关系

逻辑框架

背景框架

前言内容框架

内容框架

结论框架

本文实验方法汇总

实验方法/仪器	解决问题
PICRUSt	16S rRNA扩增子测序结果预测微生物群落功能
ESVs	对在ESV水平进行分类
Renkonen similarities	比较不同群落的差异度
莫诺特方程	描述单一限制物下的细胞生长量
svm（支持向量机）	建立对群落进行分类的模型
资源消费模型	描述群落中微生物对物质的应用