TBSS分析之路
我自己用的是Windows电脑。进行TBSS 分析需要Mac 系统或者Linux 系统,因为它是基于FSL 的一个工具包,而FSL 只能在Linux系统或者mac 上安装和使用。为了运行TBSS, 我征用了我老公的mac,然后在他的电脑的一通操作,首先装了XQuartz.app(装FSL )之前必须要先装这个工具。然后装了FSL,matlab,还有北师大针对DTI 开发的自动化处理工具包PANDA
我自己用的是Windows电脑。进行TBSS 分析需要Mac 系统或者Linux 系统,因为它是基于FSL 的一个工具包,而FSL 只能在Linux系统或者mac 上安装和使用。为了运行TBSS, 我征用了我老公的mac,然后在他的电脑的一通操作,首先装了XQuartz.app(装FSL )之前必须要先装这个工具。然后装了FSL,matlab,还有北师大针对DTI 开发的自动化处理工具包PANDA。
2020.1.20左右
之前我的数据在panda上了跑了确定性追踪。两年前为了给合作者做VBA 分析,我学习了panda工具包内进行VBA 分析必要的函数,病成功用代码跑通了数据,然后用spm的2-level analysis进行了统计分析。
两年后的今天我自己写文章,我打算换一种方法处理这批数据,那就是用TBSS 分析方法。有了用代码成功完成VBA分析 的经验,我第一反应把tbss的代码翻出来(g_TBSS_pipeline),然后开始调啊调啊,然后失败了。我加了panda的作者崔再续博士的微信,然后向他求助,他建议我用面板,然后给了我他的两个讲课视频,里面讲到可以用filter 选取不同文件下的dti_FA.nii.gz。按照他的方法(路径/sub_*/stand*/*4normalize_to_target_1mm.nii.gz)我成功的选取了自己要分析的dti_FA.nii.gz。
通过面板加载进去,开始运行吧?然后问题出现了,报错了,继续向崔博士求助,通过向他发送运行日志,他发现我所有被试的数据文件的名字都是一样的,这是问题的所在,不能一样,于是乎,我自己写了一个代码对每个被试的数据文件进行重新命名。重新命名后,我进行了重新加载和重新运行,成功了,没有再报错了。但是新的bug出现了,界面停留在那里不动了,于是继续向崔博士求助,崔博士对我进行了一通指导,大概目的就是看内存运行情况,but,我到现在也没有明白到底是内存问题还是数据问题。然后愉快的回家过年了。
时间来到2020.3月底
两年前帮别人做的VBA分析投稿返回意见要求补充实验。因为疫情影响,我没办法进实验室,数据还在实验室,之前的操作也都在实验室的服务器上操作的,于是我开始了求人帮忙拷数据的一波三折之路。首先拜托一个老师A将硬盘挂载到服务器上,发现挂载不了。A老师结束了一天的工作回家了。A老师说下次什么时候去实验室不确定,我想这不行啊,赶紧联系B老师,B老师说我最早后天去,然后早早的将自己要拷的数据赶紧发给B老师,终于满心欢喜的等到了后天,一直在等B老师的联系,中午终于忍不住给B老师发了一条信息,B老师说我下午3点开会,大概4点能开完,4点多联系你。等等等。。。时间一晃来到了下午6点,B老师终于联系我了,他说依然挂载不了,我说要不格式化下,那边却传来着急要走的语音,我慌了,心想今天又拷不了。不想这么多了,赶紧想办法解决挂载不了的问题吧。万幸中的万幸,B老师虽然着急着离开实验室,还是选择试试格式化硬盘,成功了,数据开始拷贝了。事情总算有实质性进展了。功夫不负有心人,第二天顺利拷完拿到数据。
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