linux 命令行批量下载pdb 文件有100个PDB需要下载，可以用到linux wget尝试用for 语句，不过PDB网站不让机器自动下载。下载一个PDB文件，可以用wget http://www.rcsb.org/pdb/files/XXXX.pdb很多文件的下载把这个命令写到一个 sh 文件中，#!/usr/binwget http://www.rcsb.org/pdb/files/AA.

在文献中看到有人做自由能景观图，记录下自己的操作过程参考http://www.kangsgo.com/49.htmlhttp://sobereva.com/73https://www.zhihu.com/question/19895566跑完动力学后蛋白比对gmx trjconv -f md.xtc -smd.tpr -fit rot+trans -o mdfit.xtc选择backbone 以及