文章目录论文地址DAVID官网获得KEGG富集分析结果气泡图cytoscape软件绘制代谢通路网络图network datatable data论文地址DAVID官网KEGG富集分析和GO富集分析方法一致，具体步骤见我上篇文章DAVID在线工具进行GO富集分析，这里主要展示可视化结果获得KEGG富集分析结果1.输入文件为所有差异表达基因列表2.选择GO富集分析结果时，我们点击“Path...

文章目录论文地址四个GSE数据集差异表达基因（按logFC值排序）并为一个list，正序倒序各一个list所有差异基因在四个GSE数据集中logFC矩阵筛选共同上调基因筛选共同下调基因合并共同上下调基因logFC.tiff论文地址四个GSE数据集差异表达基因（按logFC值排序）并为一个list，正序倒序各一个listsetwd("./2.RobustRankAggreg_analysis"...

文章目录论文地址STRING数据库PPI网络构建输入差异基因listPPI图保存结果cytoscape软件筛选hub基因、功能模块输入“string_interactions”文件用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因用MCODE插件，筛选功能模块论文地址STRING数据库PPI网络构建输入差异基因list进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有...

1.TCGA-GBM数据数据{library(TCGAbiolinks)library(SummarizedExperiment)query <- GDCquery(project = 'TCGA-GBM',data.category = "Transcriptome Profiling",...

今天本来打算复现一篇去年发表在 OncoTargets and Therapy GEO数据库整合挖掘的论文，这个杂志素来以灌输闻名，“水的”已经不是SCI了，但是影响因子还是3左右，按理说文章质量应该尚可，而且这又是一篇纯数据挖掘的文章，所以我就去打开了我的Rstudio,开始数据分析，在做到差异表达分析的时候被作者的操作惊到了，到底怎么回事呢，首先我们看看文献中怎么说的，作者首先分析了GDS35

1 TCGA Code Table1.1 Data LevelsLevel NumberDefinition1Raw data2Normalized data3Aggregated data4Regions of Interest data0No Level1.2 Portion / Analyte CodesCodeDe...

介绍肿瘤组织中的正常细胞不仅在分子研究中影响肿瘤信号，而且在癌症生物学中也起着重要作用。 估计包使用基因表达数据预测肿瘤组织中基质细胞和免疫细胞的存在。示例首先使用通过Affymetrix U133Plus2.0平台从10个卵巢癌样本中获得的数据。 它具有由17,256个基因（行）和10个样本（列）组成的基因水平表达数据。 其次，将每个微阵列平台的不同基因数量统一为10,412个共同基因。 这...

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1 KM法计算生存率——非参数模型2 log-rank秩检验比较不同组的生存率2.1 输入数据2.2 建立假设2.3 log-rank秩精确性检验1 KM法计算生存率——非参数模型乘积极限法适用于离散数据，它用于建立时刻 ttt 上的生存函数，根据 ttt 时刻之前的所有时期的生存概率的乘积，来估计时刻 ttt 的生存函数 S(t)S(t)S(t)和它的标准误 SE(S(t))SE(S(t)...

1.添加均值和误差棒library(tidyr)library(ggplot2)library(ggpubr)长型数据框-线图ggline(ToothGrowth, x = "dose", y = "len",add = c("mean_se"),color= "supp", palette = "jco")长型数据框-条形图ggb...