之前发过一篇关于核酸多样性(Pi)计算的相关内容，但是没有给出具体的计算公式，而且从定义公式来看，对于一般人并不好理解，因此本次把一种理解起来更容易的公式分享下，可以到公众号内容查看。链接: 细胞器“干货”：叶绿体线粒体基因组PI计算常见疑惑.  此外，本人也用perl脚本实现了计算方法，结果和dnasp相同，源码在qq群：936427018 中获取。.

  之前在做叶绿体基因组核酸多样的时候，先是用全基因组做，选择窗口和步长使用dnasp5来求pi值。后来发现文章里放的都是编码序列和非编码序列，或者每个基因的pi值。叶绿体的编码序列一般在80个多个，如果再加上非编码区，那么有一百多个序列需要计算，手动算的话挺费时费劲的，一分钟算三个的话得近一个小时。。。作为懒人的我肯定是不愿意每天花一个小时做这样的重复工作，于是……  我找了文章里的计算方法，发

  IRscope是一款将叶绿体基因组四个区域连接位点可视化的软件，可以本地化，也可以在线服务，具体可移驾这篇文章: IRscope:可视化叶绿体基因组四个区连接位点.  我之前用的是本地化的软件，会遇到genbank文件格式的问题，导致程序报错，或者图片生成的很奇怪，又或者文件太多，运行的太久（可能是我的配置问题）。。。正常情况下图片是好的，而且生成的是pdf格式的图片，修改起来很方便（在线服务