本文介绍了GNU parallel的Linux安装及主要使用方法，为实现CPU并行处理任务做准备。GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务，一个计算任务可以是一条shell命令或者一个以每一行做为输入的脚本程序。

本文介绍了蛋白结构预测开源程序RoseTTAFold2的安装及使用体验。本文介绍了蛋白结构预测开源程序RoseTTAFold2的安装及使用体验，并在实例上与AlphaFold2和ESMFold的表现与耗时做了比较。

（1）结合AlphaFold官方提供了Docker安装指引，本文提供了conda版本的安装，配合run_alphafold.sh脚本使用更加方便。（2）根据AlphaFold官方python脚本，更新了run_alphafold.sh中的models_to_relax参数，便于AF2.3版本使用。（3）对alphafold预测结果使用Pymol根据pLDDT染色。

ESMFold 是一款由 Meta AI 团队开发的高精度蛋白质结构预测工具。相较于其他蛋白质结构预测方法，例如 AlphaFold2 和 RoseTTAFold，ESMFold 具备更快的预测速度。（1）ESMFold官方提供安装指引较为繁琐，本文提供了conda版本的快速便捷安装方法。（2）通过案例介绍ESMFold单个结构序列和批量结构序列的预测方法。

本文提供了生物体系结构预测开源模型RoseTTAFold All-Atom的Conda安装及使用体验。

LeDock是一款开源分子对接软件，过往的对比研究显示LeDock在配体构象生成和打分上具有比较优势，从使用上看对接计算速度亦具有明显优势。LeDock默认使用单线程CPU计算分子对接任务，单机使用对当前多核心多线程的CPU利用不够。本文介绍采用GNU parallel并行计算以及使用Slurm提交任务提高CPU利用率，实现高通量虚拟筛选，适合单机及HPC。过往使用案例中，100个线程的机器每天可

本文介绍了rDock的两种安装方式及使用流程，为开始使用rDock的朋友提供参考以及快速入门指导。后续系列文章将结合案例详细介绍rDock使用。

PBS Torque作为一种开源的作业调度和资源管理系统，广泛用于高性能计算环境中。它提供了一个集中式的作业调度器，可以有效地管理计算集群中的作业，并将它们分配给可用的资源。Torque目前最新版本为7.0.1，本文将介绍Linux Ubuntu 22.04上PBS Torque 6.1.3的安装、配置及主要使用方法。以上是PBS Torque 6.1.3在Ubuntu22.04上的安装、基本配置

本文介绍了rDock的两种安装方式及使用流程，为开始使用rDock的朋友提供参考以及快速入门指导。后续系列文章将结合案例详细介绍rDock使用。

OpenMPI是一个开源的消息传递接口（Message Passing Interface，MPI）的实现，用于并行计算。它允许多个计算节点之间进行通信和数据交换，从而实现分布式计算。这里介绍OpenMPI的安装和基本使用。安装是后续的分子对接虚拟筛选以及分子动力学研究的准备工作。