Mol2格式文件是常用的分子结构存储文件，可以在一个.Mol2文件中记录单个或多个分子的立体结构信息、电荷信息以及其他信息。本文介绍Mol2分子处理的常见操作，包括文件合并与拆分，分子名称修改，分子计数与变量传递等。

本文介绍开源分子对接软件LeDock在Linux Ubuntu上快速便捷安装及简易使用

Mol2格式文件是一个ASCII 文件，由Tripos公司编制的用于表示化学分子的文件格式，在其药物设计软件套装SYBYL中使用。Mol2格式文件被分子模拟的众多软件所支持，包括计算化学、分子对接，分子动力学软件，如Gaussian，VMD，UCSF DOCK，rDock，LeDock，MOE，Schrodinger，Openbabel，RDKit，Amber，Gromacs等。本文介绍了Mol2

分子对接是采用计算模拟的方式，预测受体与配体之间的结合模式，即Pose，以便于后续的Pose评估（打分）。传统对接基于构象搜索，深度学习将分子对接抽象为回归问题，但都没有很好的解决对接准确性问题。DiffDock来自MIT CSAIL的Regina教授和Tommi教授课题组的工作，他们将分子对接视为一种生成任务，并采用了时下在图像生成等领域相当热门的生成扩散模型（DGM）。

本文介绍Linux系统MPICH的安装，为HPC并行计算做准备。

本文是关于UCSF Chimera和ChimeraX的介绍以及安装。

本文汇总了AlphaFold和AlphaFold-multimer等蛋白结构推理预测中，不同蛋白结构预测模型的评价指标。供大家参考。

本文介绍了GNU parallel的Linux安装及主要使用方法，为实现CPU并行处理任务做准备。GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务，一个计算任务可以是一条shell命令或者一个以每一行做为输入的脚本程序。

本文介绍了蛋白结构预测开源程序RoseTTAFold2的安装及使用体验。本文介绍了蛋白结构预测开源程序RoseTTAFold2的安装及使用体验，并在实例上与AlphaFold2和ESMFold的表现与耗时做了比较。

（1）结合AlphaFold官方提供了Docker安装指引，本文提供了conda版本的安装，配合run_alphafold.sh脚本使用更加方便。（2）根据AlphaFold官方python脚本，更新了run_alphafold.sh中的models_to_relax参数，便于AF2.3版本使用。（3）对alphafold预测结果使用Pymol根据pLDDT染色。