芯片质量分析芯片数据预处理获取差异表达基因GO和KEGG分析聚类分析(本文于2013.09.04更新）基因芯片技术的特点是使用寡聚核苷酸探针检测基因。前一节使用ReadAffy函数读取CEL文件获得的数据是探针水平的（probe level），即杂交信号，而芯片数据预处理的目的是将杂交信号转成表达数据（即表达水平数据，expression level data）。存储

1 从程序菜单修改首先得“启用可编辑快捷键”从Xfce开始菜单进入“设置”–>“外观”切换到“外观”弹出窗口的“设置”标签页选中“启用可编辑快捷键”即可启用上述选项后可直接从应用程序的菜单上修改快捷键。以终端（Xfce4-terminal）为例，修改“粘贴”的快捷方式为“Ctrl-Y”（Emacs风格）的步骤为：开启一个终端窗口随便输入一点内容，选中并复制打开“编辑”菜

1 Doom-Emacs用前须知Doom-Emacs（下面就称为Doom）是Emacs的一个比较复杂的配置包，主要目的是使Emacs拥有Vim的出色编辑能力，同时让新手相对比较容易配置。 但后一个目标几乎是不可能的事情，因为你既要会用Emacs，还要会用Vim，而它们是全宇宙学习难度最高的两个编辑器。如果这两个编辑器你都没有用过，建议：分别安装纯纯的Vim和Emacs按出厂配置（不更改配置不安装插

1 POSIXct和POSIXlt把表示时间的字符串转成时间类型数据，在R语言里面有两个基本的函数：as.POSIXlt() 和 as.POSIXct()。两者都是S3泛型函数，根据参数的数据类型选择不同的转换方法，除字符串外还能够转换数字、因子等数据类型，适应性很强：as.POSIXlt("2010/01/01")## [1] "2010-01-01

“facet”一词这里翻译为“分面”，不知道是否准确，可以斟酌。虽然我们前面说过ggplot2分面最终的效果是一页多图，但跟通常所说的在“一个页面中绘制多个图形”还是有区别的。ggplot2分面体现的是数据分组，同一页面中的多个小图是完全相同的类型。真正意义的“一页多图”在ggplot2中需要通过其他方法实现。ggplot2的分面有两种方式，分别使用 facet_wrap 或 facet_g

MX能迅速跑到Linux发行版的前面，秉承Debian最优良的稳定性传统而又放心引入较新Linux内核是最主要原因。这不是某些无知linux“撸客”在虚拟机上比划三两下就能理解的。本文和本人都不喜欢掺和发行版的争论，此话题到此为止。下面介绍MX的另一大杀器——MX-Live-usb系统。相比Debian以及其他发行版的LiveUSB，MX的Live系统的主要特点是：操作系统可定制、可更新...