之前由于要管理项目组的文档，所以就想在linux下搭建一个svn平台，于是我就在网上找资料，并按照步骤搭建了一个SVN，结果老是出现一个authentication failed的错误，经过一个下午的努力，终于让我找出了错误的原因，一个非常奇怪的原因。我先说说我的搭建方法，然后再说说错误的原因：一般来说，subversion服务器可以用两种方式架设：一种是基于svnserve，svnser

一：自由能计算简介  基于结构的药物设计方法有多种多样，包括分子对接、数据库搜索以及从头设计等等，但是它们最终往往都面临一个同样的问题就是药物分子活性的评价。许多药物和其它生物分子的活性都是通过与受体大分子之间的相互作用表现出来的，所以受体和配体之间结合自由能(binding afinity)评价是基于结构的计算机辅助药物分子设计的核心问题。精确的自由能预测方法能够大大提高药物设计的效率。在过

最近这几天一直在进行自由能的计算，期间遇到了各种错误，整了一周的时间，这周二终于在无意中找到了解决问题的方法。        因为MMPBSA一般是用已经跑出来的轨迹进行自由能的计算，因此在计算过程中一定要注意对输入文件的处理，否则输入文件的一个小小的差错就有可能导致运行过程中出现各种错误，我计算的过程中基本上遇到了各种错误。现在列举如下，希望看到这篇文章的人在处理多聚体的时候能够少走一些

一、投稿信1. Dear Dr. Defendi ML:I am sending a manuscript entitled “” by – which I should like to submit for possible publication in the journal of - .Yours sincerely2. Dear Dr. A:Enclosed is

Schrödinger（薛定谔）是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测。Schrodinger是药物发现的完整解决方案：

分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一。大概因为自由能的概念比较令人困惑。下面侃侃我的理解，大家拍砖。。要说自由能，先说它和它兄弟“能量”的差别。做过模拟都知道，一个被模拟的体系，不论是NPT,还是NVT，它有总能量，这就是内能。内能分为动能和势能两项，势能项还能分解成很多子项，键能，非键作用能，等等，一清二楚的；模拟是否平衡，总能量是否守恒，Plot一下总能，一清二楚

网址：http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/ 预测过程所需要知道的参数有：parameters:          1. Grid Size(晶格的大小): 这个参数决定了三维的晶格的大小。 推荐使用的值为1埃。           2.Probe radius(探针半径) : 这个输入的参数值应该是一个非负的整

解决方法有两种如下：1。在报错的文件里的session start();之前加入如下代码：ini_set(‘session.save_handler’, ‘files’); 。这种方法适合租用空间的用户使用。2。在php.ini文件里，显式指定session的save_path(比如 c:/temp)然后重启web服务。如果服务器的管理权限属于你，那还是这样改比较方便。原因分析：php

这两天抽出了些时间来安装一下yii2,安装过程中遇到了各种问题。   一开始本打算将这个学习的框架搭建到微软私有云上，但试过几次之后总是出现各种bug,最后不得已在自己的电脑上安装成功！   首先，yii2需要php5.4以上的运行环境，为了简单，直接在自己的windows系统上安装了wamp2.5.   第二步：下载composer    官网下载地址：https://getco

因为要写脚本 使用vi编辑器必然不太友好，不会有颜色区分和显示内容，好吧，就选择使用vim 可是遇到颜色调试的问题，周折了很久才搞定。分享一下哈 环境一：直接登录linux（cent5.X cent6.X）系统（前提你安装了vimp这个编辑器软件）问题：vim fimename  #vim编辑文件的时候编辑的字符只有一种颜色，正常来说应该不同的语法成分会有不同的颜色呈现。