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微生物组16S rRNA数据分析

原文链接:https://www.jianshu.com/p/920a5ce3a7a0微生物组16sRNA 数据分析常规流程:划分OTU , 构造距离矩阵,分析物种多样性指数,构建序列的进化树及物种注释信息。可以使用USEARCH、VSearch、Qiime来进行分析。1、划分OTUOTU为操作分类单元,基于序列相似度高于97%,将每个sample划分成不同OTU,每个OTU用一条...

数据分析图表解读——生信part

https://jingyan.baidu.com/article/0964eca212f6a88284f53675.html16SRNAV3-V4测序效果最佳1.柱状图横坐标:各样本,一个条形图代表一个样本;纵坐标:各分类层级(界门纲目科属种)的序列数目或者百分比,不同颜色表示不同层级,序列只计入分类得出的最低层级。2韦恩图一般只能表示五个样本或者分组3.稀释曲线...

微生物组16S rRNA数据分析

原文链接:https://www.jianshu.com/p/920a5ce3a7a0微生物组16sRNA 数据分析常规流程:划分OTU , 构造距离矩阵,分析物种多样性指数,构建序列的进化树及物种注释信息。可以使用USEARCH、VSearch、Qiime来进行分析。1、划分OTUOTU为操作分类单元,基于序列相似度高于97%,将每个sample划分成不同OTU,每个OTU用一条...

CentOS7 不同虚拟机之间的免密登录

以下操作均需对所有虚拟机1.使用hostname + 名称 修改虚拟机的名称,修改/etc/hosts文件,添加主机IP与名称192.168.2.1 hostname1192.168.2.2 hostname2192.168.2.3 hostname32.生成密钥,使用命令ssh-keygen  -t   rsa3.生成文件 /root/.ssh/authorized_...

Linux Java 命令 Error: Could not find or load main class

https://www.cnblogs.com/mmnyjq/p/4065273.htmljavac :Java compiler 编译Java文件为字节码文件,实现跨平台java :于Java虚拟机运行字节码文件,Java [class文件名称]class后缀名文件无需加后缀,直接Java  文件名称...

浅谈隐式马尔科夫模型

马尔科夫模型是基于马尔科夫假设与观测序列的独立性,著名的马尔科夫假设即状态的转移至于前一个状态有关,与将来无关。将该模型用(A,B,Pi)三元组表示,其中A表示状态转移概率矩阵,元素为:P(St|St-1),B表示在观测输出条件Oi下隐含状态序列Si的概率矩阵,元素为:P(Si|Oi);Pi表示初始状态概率P(Si)。三类问题:(1)已知观测序列(输出符号的概率序列)求取其隐含序列,以语音识别为例

到底了