7502fb158f663ecc5770b72dabe3d2a2.png

在处理fasta文件的时候我们常常会遇到需要合并多个fasta文件或者分隔单个fasta文件成为每个序列一个文件。这篇文章会告诉你如何做。

  1. 合并

Windows系统下，打开cmd系统。（ctrl+win）

使用cd转换地址到你需要处理的地方

type *.txt>>all.txt

例如：type A.txt B.txt > AB.txt

2. 分隔

方法一：awk

awk '/^>/{s=++num}{print > "example_"s".fa"}' example.fasta

方法二：python 脚本

import sys
def parseFasta(filename):
    fas = {}
    id = None
    with open(filename, 'r') as fh:
        for line in fh:
            if line[0] == '>':
                header = line[1:].rstrip()
                id = header.split()[0]
                fas[id] = []
            else:
                fas[id].append(line.rstrip())
        for id, seq in fas.items():
            fas[id] = ''.join(seq)
    return fas
fas = parseFasta(sys.argv[1])
for i in fas:
    with open(i + ".fa", 'w') as f:
        f.write(">" + i + "n" + fas[i] + "n")

运行方法：

在cmd下：

python splitFasta.py AB.fasta

你就会得到A.fasta和B.fasta

Logo
Linux

更多推荐

Linux虚拟文件系统之文件系统卸载（sys_umount())

Linux中卸载文件系统由umount系统调用实现，入口函数为sys_umount()。较于文件系统的安装较为简单，下面是具体的实现。1. /*sys_umont系统调用*/2. SYSCALL_DEFINE2(umount, char __user *, name, int, flags)3. {4.struct path path;

avatar Linux

网卡速率和双工模式的配置

http://linux.chinaitlab.com/system/792187.html1、mii-tool 配置网络设备协商方式的工具；    1.1 mii-tool 介绍；    mii-tool - view, manipulate media-independent interface status （mii-tool 是查看，管理介质的网络接口的状态）

avatar Linux

Linux系统下超级终端Minicom的使用方法（例如：连接交换机，路由器等）转http://baike.baidu.com/view/2911642.htm?fr=ala0_1

<br />　　Linux系统下超级终端Minicom的使用方法 <br />　　Linux下的Minicom的功能与下的超级终端功能相似，适于在通过超级终端对设备的管理以及对嵌入操作系统的升级，现写出Minicom的使用手册： <br />　　1． 启动minicom <br />　　以root权限登录系统 <br />　　使用命令 <br />　　minicom –s 则minicom启动，屏

avatar Linux